Публикации по теме 'biology'
Поиск коротких последовательностей в протеоме человека
Поскольку геном содержит последовательность всего генетического материала организма, протеом содержит информацию обо всех белках, экспрессируемых организмом. И, подобно шестерням в механических часах, каждый белок генерирует серию событий, чтобы вызвать реакцию. Домен в белке A распознает фрагмент белка B, и может произойти конформационное изменение, и домен в белке B будет открыт, или катализируется химическая реакция среди многих других возможностей.
Белки состоят из аминокислот,..
Проект Розалинд: слияние науки и программирования
Когда я учился программировать (подробнее об этом приключении позже), мне не терпелось заняться приложениями своей работы. В конце концов, научиться печатать Hello World и выполнять циклы while — это весело, но только на короткое время.
Вот тут-то и появился Проект Розалинд . Я по образованию исследователь-биохимик и хотел научиться кодированию в первую очередь, чтобы применять его к анализу данных в области биомедицинских исследований. Проблемы с кодированием в Rosalind были..
Нормализованное расстояние сжатия
Сегодня мы поговорим о компрессии и биологии. Я представлю вам новую основу для машинного обучения, которая заключается в том, что обучение — это сжатие. Мы вместе изучим, как мы можем решить реальную проблему, просто заархивировав содержимое. Да! Вы слышали меня, мы будем архивировать данные так же, как мы делаем это, когда отправляем электронное письмо. Это позволит нам классифицировать белки.
🧠 Обучение — это сжатие
Понимание — это сжатие . (Грегори Чайтин, 2004 г.)
Не..
Apache Spark SQL и машинное обучение для классификаций генетических вариантов
Apache Spark SQL и машинное обучение для классификаций генетических вариантов
Джордж Джен, Jen Tek LLC
Введение
Covid-19 вызвал интерес к биоинформатике, науке о данных, связанной со сбором и анализом сложных биологических данных, таких как генетические коды и последовательности, сочетание математики и биологии.
Контекст
ClinVar — общедоступный ресурс, содержащий аннотации о генетических вариантах человека. Подробности можно найти на сайте Национального института здравоохранения...
Документы, принятые на ICLR2021 по биологии, химии и медицине
В предыдущем посте я собрал 40 статей, ПРЕДСТАВЛЕННЫХ на конференцию ICLR2021 по биологии, химии и медицине. Поскольку окончательные решения теперь общедоступны, я проверил статус и резюмировал здесь ПРИНЯТЫЕ решения. Вы найдете 7 статей (17,5%).
Отказ от ответственности : должны быть некоторые документы, которые я пропустил. Пожалуйста, обратитесь к полному списку здесь , если у вас есть достаточно времени :)
Биология
Языковые модели белков-трансформеров — это обучающиеся..
Графические сверточные нейронные сети для анализа сложных углеводов
Использование PyTorch Geometric для работы с биологическими данными
Графические сверточные нейронные сети (GCN) привлекают все большее внимание за последние пару лет, и все больше и больше дисциплин находят им применение. Это также распространилось на науки о жизни, поскольку GCN использовались для анализа белков , лекарств и, конечно, биологических сетей . Одним из ключевых преимуществ сетей GCN, которое сделало возможным это расширение, является их способность работать с..
Как танки Второй мировой войны могут научить вас биоинформатике
Как перебросить через реку танк весом 36 тонн с помощью всего лишь 6 солдат? Это сложная задача, но ребенок может нарисовать ее карандашом.
Не верите мне? Мы к этому еще вернемся. Сначала поговорим о биологии.
Следующей технологией, которая изменит мир, будет биологическая. Биотехнология вылечит наши болезни, сделает более здоровую пищу и улучшит качество нашей жизни.
Во многом это зависит от понимания генома, всей ДНК, которая сообщает нашим клеткам, что делать и что делать...
