Публикации по теме 'bioinformatics'
ВВЕДЕНИЕ В БИОПИТОН
Будучи энтузиастом биологии и студентом, изучающим компьютерные науки, я дошел до того, что подумал о том, чтобы связать биологию с программированием, и это привело меня к знакомству с «БИОПИТОНОМ». Этот обзор будет основан на общих аспектах того же самого.
Проект Biopython — это международная ассоциация разработчиков свободно доступных инструментов Python ( http://www.python.org ) для вычислительной молекулярной биологии. Python — это объектно-ориентированный интерпретируемый гибкий..
Анонс Dash для R
Dash , самая быстрорастущая платформа для создания аналитических веб-приложений на основе моделей Python, теперь доступна для языка программирования R.
Монтаж | Документация | GitHub | "Галерея"
Dash был выпущен в 2017 году как последняя разработка в аналитических инструментах Plotly с открытым исходным кодом. В то время Plotly был известен нашими библиотеками научных графиков. (Библиотека диаграмм Python Plotly, plotly.py , загружается более миллиона раз в месяц)...
Начало работы со строками Python для биоинформатики (и всех остальных!)
В настоящее время большая часть работы по биоинформатике выполняется с использованием языков программирования Python и R. Эти языки используются для анализа данных, начиная от отдельных последовательностей ДНК и заканчивая массивными электронными таблицами сложной информации. В качестве введения мы собираемся изучить некоторые важные функции и методы для строк, поскольку они обычно используются для хранения геномных последовательностей.
Назначение строки
Чтобы присвоить строку..
Критическая оценка прогнозирования структуры (CASP): более четверти века отслеживания состояния…
Если вы хотите узнать больше об AlphaFold 2 и его влиянии на биологию, ознакомьтесь с другой историей !
Введение. Что вы подразумеваете под «моделированием белковых структур»?
Структурная биология пытается объяснить биологические системы на атомном уровне. Для этого дисциплина критически зависит от доступности структур вовлеченных молекул, наиболее важными из которых обычно являются белки. Хотя многие структуры могут быть определены с помощью экспериментальных методов, таких как..
Привязывать или не привязывать
Структура машинного обучения, помогающая расшифровывать правила, по которым факторы транскрипции связываются со своими целевыми сайтами
Опубликовал An Zheng от имени Gymrek Lab
Этот пост в блоге представляет нашу статью Глубокие нейронные сети определяют особенности контекста последовательности, предсказывающие связывание фактора транскрипции , опубликованную в Nature Machine Intelligence [ 1 ]. Вот бесплатная копия только для чтения этой статьи [ 2 ]. Часть этой..
Поиск коротких последовательностей в протеоме человека
Поскольку геном содержит последовательность всего генетического материала организма, протеом содержит информацию обо всех белках, экспрессируемых организмом. И, подобно шестерням в механических часах, каждый белок генерирует серию событий, чтобы вызвать реакцию. Домен в белке A распознает фрагмент белка B, и может произойти конформационное изменение, и домен в белке B будет открыт, или катализируется химическая реакция среди многих других возможностей.
Белки состоят из аминокислот,..
Проект Розалинд: слияние науки и программирования
Когда я учился программировать (подробнее об этом приключении позже), мне не терпелось заняться приложениями своей работы. В конце концов, научиться печатать Hello World и выполнять циклы while — это весело, но только на короткое время.
Вот тут-то и появился Проект Розалинд . Я по образованию исследователь-биохимик и хотел научиться кодированию в первую очередь, чтобы применять его к анализу данных в области биомедицинских исследований. Проблемы с кодированием в Rosalind были..
