Публикации по теме 'bioinformatics'


Стажер со мной
Все чаще я получаю запросы от разработчиков, которые проявляют интерес к сотрудничеству со мной и моими командами в Lynn Langit Consulting. Чтобы ответить на основной вопрос - да, я принимаю избранных стажеров для работы с виртуальными проектными командами в моей консалтинговой компании. Для ясности, я НЕ ищу стажеров, однако я предпочитаю сотрудничать в индивидуальном порядке. Вот как я отвечаю на запросы кандидатов. Мой ответ «Возможно. Обычно я выбираю оплачиваемых стажеров по..

Получение признаков движения глаз
Введение Я хотел бы подробнее обсудить, как можно собрать определенные характеристики глаз, чтобы обучить модель машинного обучения, которую можно использовать для целей идентификации. Ранее в посте я описал пару функций, включая саккаду и внимание, предложенных Райхле Э. Д. [1]. После объединения знаний предметной области из поиска литературы я выбрал некоторые функции для предварительного изучения, в том числе: Саккада: быстрое движение глаза от одной фиксации к другой...

TBP #8: Автоматическая аннотация sRNAs с ML
Аннотации метаданных для генетической информации являются важной частью понимания особенностей популяции набора образцов. Независимо от того, являются ли данные образцами крови или геномными прочтениями, чем больше информации мы знаем о предмете, тем больше статистических анализов мы можем провести как исследователи. Иногда отсутствие метаданных может быть серьезным препятствием. И найти его может быть еще сложнее. В этой статье авторы сравнивают алгоритм глубокого обучения и..

Холангиокарцинома: CDKN2A и MDM2 [2]
Фон В предыдущем посте мы получили текст из KEGG, который поддерживает запись соответствующего гена или генных продуктов. Обычно текст поступает из базы данных PubMed и курируется человеком-экспертом. Поскольку каждая запись обычно сопровождается несколькими статьями PubMed только для ее поддержки, нам потребуются другие источники, чтобы обогатить справочный материал. В этом посте я вернусь к Википедии как к другому источнику. Канал Изменить описание..

Анализ настроений медицинской литературы
Пубмед . На сегодняшний день он включает около 30 миллионов статей и является самым ценным ресурсом для ученых-биомедиков. Pubmed объединяет большую часть опубликованной литературы в этом пространстве. В результате это первая остановка в генерации гипотез, исследовании, тестировании и проверке. Думайте об этом как о Google для ученых-биомедиков. Не только ученые-биомедики, но и большинство исследователей, когда они выдвигают новую захватывающую идею, т.е. Свежий взгляд на то, почему..

Шумиха вокруг AlphaFold продолжает расти с этим новым препринтом.
Ознакомьтесь с этой новой работой, которая упрощает доступ ко всем возможностям AlphaFold2 за счет интеграции ее с мощным устройством сопоставления последовательностей белков MMseqs2. Благодаря интеграции AlphaFold2 с набором MMseqs2 для вычисления множественных выравниваний последовательностей, первая формальная версия ColabFold - как назвали ее авторы - позволяет пользователям максимально эффективно использовать AlphaFold без каких-либо аппаратных или программных нагрузок:..

Мой первый шаг к биоинформатике
Биоинформатика - это развивающаяся область, которая объединяет несколько дисциплин, включая биологию, информатику, психологию, математику и статистику, химию. В последний раз я читал биологию в старшей школе. Я был довольно хорош и был лучшим в классе. Несмотря на то, что в то время у меня был большой интерес к биологической науке, я выбрал информатику в качестве основной специальности бакалавриата, чтобы удовлетворить свой большой интерес. У нас не было высшего образования по..