Публикации по теме 'bioinformatics'


Применение алгоритмов машинного обучения в моделировании роли микробиома в колоректальном…
Дизайн и методология биоинформатической структуры - результаты моделирования машинного обучения для понимания канцерогенеза колоректального рака В одной из предыдущих статей я сделал обзор проектирования и разработки комплексной биоинформационной структуры и конвейера машинного обучения для глубокого анализа и интерпретации данных микробиома . До сих пор я применял методологию и подробно разрабатывал технические результаты и интерпретацию ключевых биомаркеров, которые могут сыграть..
Холангиокарцинома: текстовый анализ [3]
Фон В последнем посте я запускаю скрипт распознавания объектов, чтобы идентифицировать эти биомедицинские объекты в одном резюме. И мы замечаем, что термины некоторой сущности не гомогенизированы. Например, белок ретинобластомы и pRb используются взаимозаменяемо. Поскольку авторы исходных статей не обязаны использовать один и тот же термин, мне нужно заранее нормализовать термины в разных статьях. Если вы не читали мою последнюю статью, вы можете обратиться к ниже...
Методы снижения сложности с данными об экспрессии генов
В этом учебном пособии основное внимание будет уделено различным сложным методам сокращения с использованием данных экспрессии генов. В этом уроке и далее я буду использовать данные об остром миелоидном лейкозе (ОМЛ), одном из самых фатальных злокачественных новообразований. Геномная информация и информация о транскриптоме уже привели к пересмотру классификации ОМЛ. Действительно, злокачественные лейкозы имеют специфические сигнатуры, которые позволяют разделить их на подклассы. Это..
Основы Linux
Linux — это операционная система, которая позволяет пользователю получать доступ к файлам, папкам, приложениям и т. д. из командной строки. Linux используется для обработки операций между приложениями и оборудованием на компьютере, включая управление ЦП, памятью, хранилищем и т. д. Операционная система Linux включает следующие компоненты: загрузчик, ядро ​​ОС, фоновые службы, оболочка ОС, графический сервер, среда рабочего стола. и приложения. К сожалению, основы Linux не преподаются..
Предсказание структуры белка с помощью AlphaFold2
автор Даймон , Стажер отдела биоинформатики NyBerMan Всем привет! Меня зовут Дима и здесь я хочу поделиться своим небольшим проектом. Речь идет о внедрении инструмента глубокого обучения в предсказание структуры белка. Наслаждаться! Эта небольшая научно-техническая статья должна начинаться с краткого рассказа о моей первой стажировке В конце декабря 2021 года мне посчастливилось найти онлайн-стажировку в области биоинформатики. Это была интернатура за заслуги перед..
Раскрытие возможностей GAN для анализа отдельных клеток
Поскольку анализ отдельных клеток продолжает развиваться, предлагая беспрецедентное понимание клеточных состояний и функций, исследователи сталкиваются с проблемами, присущими биоинформатике. Одна из основных проблем заключается в непомерно высокой стоимости секвенирования и чувствительности биоинформатических данных. Использование глубокого обучения, особенно генеративно-состязательных сетей (GAN), обещает новое решение. Эти глубокие генеративные модели уже оставили свой след в других..
Биологически насыщенные графовые нейронные сети для противовирусного предсказания
Естественно, вычислительные подходы были разработаны на протяжении многих лет, чтобы предсказать эти интересующие свойства. Совсем недавно для этой цели успешно применялись методы машинного обучения, такие как графовые нейронные сети. Одним из ярких примеров является их использование при открытии нового антибиотика, позже названного галицином. Используя Graph Neural Networks, ученые Массачусетского технологического института смогли определить, что уже существующее соединение эффективно..