Несмотря на широкую популярность молекулярной динамики (МД), одним из ее традиционных ограничений является то, что она масштабируется как задача n². Чтобы осветить проблемы, рассмотрим систему со 100 молекулами — малая по сравнению с МД-моделированием. Если парная сила, действующая на каждый атом, рассчитывается методом грубой силы, нам нужно посетить 99 атомов для каждого расчета силы. (100 атомов) x (99 вычислений силы/атом) ~10⁴ попарных вычислений силы Теперь рассмотрим немного..