автор Даймон , Стажер отдела биоинформатики NyBerMan Всем привет! Меня зовут Дима и здесь я хочу поделиться своим небольшим проектом. Речь идет о внедрении инструмента глубокого обучения в предсказание структуры белка. Наслаждаться! Эта небольшая научно-техническая статья должна начинаться с краткого рассказа о моей первой стажировке В конце декабря 2021 года мне посчастливилось найти онлайн-стажировку в области биоинформатики. Это была интернатура за заслуги перед..

Критическая оценка предсказания структуры белка CASP - это всемирный эксперимент по предсказанию структуры белков. Это сообщество было создано в 1994 году и предоставляет средства объективного тестирования этих методов посредством процесса слепого прогнозирования, предоставляет исследовательским группам возможность протестировать методы прогнозирования структуры белка и дает независимую оценку состояния дел в области моделирования структуры белка. исследовательскому сообществу и..

Модель предсказания структуры белка AlphaFold2 произвела революцию в исследованиях в области структурной биологии, предоставив более быстрые и эффективные способы раскрытия взаимосвязей между структурой и функцией белка. Однако сложная структура модели AlphaFold2 влечет за собой огромные потребности в памяти и времени при обучении, что ограничивает ее более широкое…

Этот пост в блоге является первым в серии постов о машинном обучении для предсказания структуры белка и дизайна белка. Я написал это, чтобы познакомить исследователей машинного обучения с предсказанием структуры белка, хотя это также может быть полезно для других новичков в CASP. Я объясню различные проблемы в CASP13 (Критическая оценка предсказания структуры белка) с точки зрения их входных данных, выходных данных и показателей успеха. Большинство проблем имеют несколько метрик, но я..