Публикации по теме 'hdf5'
Использование файлов .mat в Python
Ученые-исследователи и ученые часто используют MatLab и Octave в области связи и для обработки космических изображений, анализа ДНК, обработки изображений для обнаружения рака и опухолей.
MatLab или Octave удобны для ученых, чтобы легко работать с изображениями, а форма кодирования удобна для них, чтобы они могли легко использовать математические навыки без особых знаний в области программирования.
В MatLab или Octave мы сохраняем файлы с расширением .mat. Разрыв между исследованиями и..
Наборы данных HDF5 для PyTorch
Если вы работаете в области компьютерного зрения, вы наверняка слышали о HDF5. Формат иерархических данных (HDF) версии 5 - это популярный формат для хранения и обмена неструктурированными данными, такими как изображения, видео или тома в необработанном формате, для использования в различных областях исследований. или развитие. Он поддерживается многими языками программирования и API и поэтому становится все более популярным. Это также относится к хранению данных для..
Вопросы по теме 'hdf5'
Мнения о NetCDF и HDF5 для хранения научных данных?
Кто-нибудь имеет достаточно опыта работы с NetCDF и HDF5, чтобы рассказать о них как о способе хранения научных данных?
Я использовал HDF5 и хотел бы читать / писать через Java, но интерфейс, по сути, представляет собой оболочку для библиотек C,...
22921 просмотров
schedule
04.04.2022
Как создать группу в существующем файле HDF5? (ХДФ5)
У меня есть сторонняя утилита, написанная на C++, которая создает файл HDF5 с одной группой данных.
Я хотел бы импортировать два файла H5, каждый с уникальной группой данных, и вывести один файл H5 с двумя группами данных.
У кого-нибудь есть...
467 просмотров
schedule
05.07.2023
Mathematica HDF5 и составные массивы
Есть ли у кого-нибудь обходной путь в Mathematica для чтения составных массивов HDF5? У меня есть простой составной 2D-тип (int / float) в таблице, но в настоящее время он игнорируется.
Примером типа HDF5 может быть:
DATATYPE H5T_COMPOUND {...
1368 просмотров
schedule
18.09.2022
Составные типы данных с h5py: тип данных внутри атрибута
Я использую Silo с HDF5, и у меня возникают проблемы с доступом к некоторым метаданные с помощью h5py. Он выдает довольно необычную структуру HDF5, где он помещает DATATYPE внутри DATATYPE . Вот выдержка из вывода h5dump :
DATATYPE...
2198 просмотров
schedule
10.03.2023
PInvokeStackImbalance был обнаружен из HDFDotNet 1.8.7
Я пытаюсь выполнить обновление до последних оболочек HDF5DotNet (1.8.7) и получаю следующие предупреждения (при работе в режиме DEBUG из VS2010):
Обнаружен PInvokeStackImbalance Сообщение: вызов функции PInvoke «HDF5DotNet! :: H5Fopen» привел к...
461 просмотров
schedule
25.09.2022
Как установить h5py (+numpy+libhdf5+) без полномочий root в системе Debian Linux
Мне нужно установить модуль h5py Python и все его отсутствующие зависимости в системе Debian Linux. Эта задача усложняется следующим:
У меня нет привилегий суперпользователя в этой системе (нет sudo, нет пароля root и т. д.);
остальной код,...
2663 просмотров
schedule
08.12.2022
Загрузка разреженной матрицы Matlab, сохраненной с -v7.3 (HDF5), в Python и работа с ней
Я новичок в python, из Matlab. У меня есть большая разреженная матрица, сохраненная в формате Matlab v7.3 (HDF5). До сих пор я нашел два способа загрузки в файл, используя h5py и tables . Однако после этого работа с матрицей кажется чрезвычайно...
3202 просмотров
schedule
14.03.2023
Pytables - удалить строки из таблицы по некоторым критериям
У меня есть одна таблица со столбцом Time32 и большим количеством строк. Моя проблема следующая.
Когда моя таблица достигает тысячи миллионов строк, я хочу начать архивировать каждую строку старше указанного значения. Для создания запроса я буду...
1055 просмотров
schedule
05.08.2022
Обработка (перебор) нескольких файлов (HDF5) и нескольких узлов в каждом файле HDF
Как я могу автоматически обрабатывать восходящие имена файлов и имена массивов в Numpy:
У меня есть серия файлов HDF5 с именем:
20120101.hdf5, 20120102.hdf5, 20120103.hdf5, ..., 20120130.hdf5, 20120131.hdf5
каждый файл hdf5 содержит...
1527 просмотров
schedule
02.08.2023
Как пакетно выбирать и вычислять массивы в Numpy?
Как (1) пакетно выбрать все массивы в файле hdf5, затем (2) применить вычисления к этим массивам и, наконец, (3) пакетно создать новые массивы в другом файле hdf5?
Например:
import numpy
import tables
file = openFile('file1',"r")
array1 =...
588 просмотров
schedule
04.07.2023
hdf5/h5py ImportError: libhdf5.so.7
Я работаю над проектом, связанным с очередями обмена сетевыми сообщениями (msgpack, zmq,...) в системе RHEL 6.3 (x86_64). Я устанавливал самые последние пакеты glib, gevent, pygobject, pygtk и т. д., чтобы заставить работать pylab/matplotlib (что...
11097 просмотров
schedule
02.01.2023
Предупреждения Pandas Pytables и низкая производительность
Я тестировал pandas и pytables для некоторых больших наборов финансовых данных и столкнулся с настоящим камнем преткновения:
При сохранении в файле pytables панды, по-видимому, хранят многомерные данные в очень длинных строках, а не в столбцах....
2442 просмотров
schedule
04.11.2022
Неподдерживаемая версия HDF5
Пытаюсь установить Pytables, и я установил почти все зависимости: Однако, когда я пытаюсь установить pytables:
* Found numpy 1.7.0b1 package installed.
* Found numexpr 2.0.1 package installed.
* Found Cython 0.16 package installed.
* Found HDF5...
514 просмотров
schedule
09.07.2022
Как записать массив строк в набор данных HDF5 с помощью Fortran API?
Строковый массив определяется на языке fortran:
character(len = 20), dimension(5) :: strings = (/"hello", "world", "Hello", "HDF5", "fortran"/)
Теперь я хочу сохранить этот массив в набор...
1289 просмотров
schedule
18.06.2023
Лучший способ открыть файлы HDF5 на С++
Я пытался найти способ обойти некоторые недостатки привязок HDF5 C++. В настоящее время мой код завален блоками try/catch, подобными следующим:
H5::Exception::dontPrint();
H5::H5File *file = NULL;
try {
file = new H5::H5File(fname.c_str(),...
4542 просмотров
schedule
14.04.2023
Хранилище BLOB-объектов Azure и хранилище файлов HDF
Я занимаюсь разработкой облачного сервера, и мне нужно хранить файлы HDF ( http://www.hdfgroup.org/HDF5/ ) с использованием хранилища BLOB-объектов.
Функции, связанные с созданием, чтением, записью и изменением элементов данных в файле, поступают...
1316 просмотров
schedule
22.07.2023
Проблемы с тем, чтобы HDF5 работал с pyTables
Я бился головой о стену, пытаясь настроить pyTables на OSX 10.8. Я использую дистрибутив Python Enthought, установил pyTables и numexpr с PIP и использовал Homebrew для установки пакета HDF5.
Однако, когда я пытаюсь импортировать таблицы в python,...
789 просмотров
schedule
20.03.2023
Накладные расходы хранилища HDF5
Я пишу большое количество небольших наборов данных в файл HDF5, и результирующий размер файла примерно в 10 раз больше, чем я ожидал бы от наивной табуляции данных, которые я ввожу. Мои данные организованы иерархически следующим образом:
group 0...
2752 просмотров
schedule
27.11.2023
Как создать мозаику из файлов MODIS hdf с помощью Python GDAL?
Я загрузил большое количество HDF-файлов MODIS и извлек необходимые полосы из каждого файла. Как совместить все hdf-файлы вместе с помощью GDAL lib в Python и перепроецировать их? Спасибо!
2453 просмотров
schedule
18.03.2023
Чтение и работа с файлом HDF5
Я нашел аналогичный вопрос в Пример кода HDF5 , но у меня возникли проблемы корректный просмотр содержимого набора данных hdf5.
Набор данных, на который я смотрю, содержит заголовки строк со строками в первом столбце и удвоениями в других....
5055 просмотров
schedule
04.05.2022
