Введение

По мере развития клинических испытаний сбор более полных данных имеет первостепенное значение для максимизации потенциала научных открытий. Это включает в себя подробный сбор данных о биологических образцах, включая действия, влияющие на статус образца, и результаты, полученные на основе этих образцов. Консорциум по стандартам обмена клиническими данными (CDISC) разработал стандарты для таких данных в рамках модели табуляции данных исследования (SDTM), включая, среди прочих, домены событий биообразцов (BE) и домены результатов биообразцов (BS). Эта статья углубляется в эти области, разъясняя их роль в современных клинических испытаниях и их значение в растущей области фармакогеномики.

События биообразца (BE)

Домен BE является ключевым элементом SDTM, собирая информацию о действиях, которые влияют на биообразец или изменяют его статус. Эти действия включают транспортировку, замораживание, оттаивание и другие процессы, которые могут повлиять на целостность образца.

Действия и их время

Домен BE предназначен для захвата и записи того, какие действия были предприняты с образцом и когда. Он документирует дату и время действия, гарантируя, что полный график пути образца от сбора до окончательного тестирования доступен для тщательного изучения. Эта временная шкала обеспечивает важный контекст, помогая ученым понять, как различные действия могли повлиять на образец и, соответственно, на полученные с его помощью результаты.

Подотчетность

В дополнение к подробному описанию предпринятых действий и их времени, домен BE также фиксирует, кто или какая сторона несет ответственность за образец. Это может быть конкретный сайт, лаборатория или отдельный человек. Подотчетность имеет решающее значение для поддержания целостности биообразца, обеспечения того, чтобы все действия проводились в соответствии с установленными протоколами, а любые отклонения должным образом документировались и устранялись.

Результаты биопрепаратов (BS)

В то время как домен BE предоставляет информацию о действиях, воздействующих на образец, домен BS углубляется в результаты этих действий. Он содержит подробную информацию о характеристиках биообразцов и любых извлеченных образцов, таких как РНК или ДНК.

Характеристики и объем

Домен BS фиксирует различные характеристики биообразцов, включая их объем и количество любых извлеченных образцов. Эта информация имеет решающее значение для интерпретации результатов, полученных на образце. Например, высокая концентрация определенного биомаркера в небольшом объеме может предполагать иную интерпретацию, чем та же концентрация в большем объеме.

Состояние и целостность

Помимо объема и количества, домен BS также документирует состояние биообразца и целостность любых извлеченных образцов. Состояние может относиться к различным аспектам, таким как внешний вид образца или наличие каких-либо загрязняющих веществ. Целостность относится к качеству извлеченных образцов, например, к деградации ДНК или РНК. Эти факторы могут существенно повлиять на качество данных, полученных с образца.

Данные фармакогеномики/генетики (PF)

Домен PF идет еще дальше, фиксируя результаты как генетической изменчивости, так и экспрессии генов. Он используется как в клинических, так и в неклинических целях, а также для изучения как людей, так и инфекционных микробов и вирусов.

Генетическая изменчивость и экспрессия генов

Домен PF предназначен для захвата широкого спектра генетических данных. Это включает в себя вариации, такие как однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), и уровни экспрессии генов, которые могут указывать, насколько активен конкретный ген. Эти данные могут дать ценную информацию о генетических факторах, лежащих в основе различных заболеваний, что поможет исследователям разработать более эффективные методы лечения.

Клиническое и неклиническое использование

Домен PF используется как для клинических, так и для неклинических исследований. В клинических исследованиях это может помочь выявить генетические факторы, влияющие на то, как пациенты реагируют на то или иное лечение. В неклинических исследованиях это может помочь исследователям понять основную биологию заболевания или состояния, что потенциально может привести к определению новых целей лечения.

Объекты исследования и инфекционные микробы

Домен PF также универсален в отношении типов организмов, которые его можно использовать для изучения. Он используется не только для людей, но и для инфекционных микробов и вирусов. В контексте инфекционных заболеваний это может помочь исследователям понять, как генетическая изменчивость этих организмов способствует различиям в тяжести заболевания и реакции на лечение.

Микроскопические данные (MI)

Домен MI используется для результатов, полученных в результате микроскопического исследования образцов тканей. Эти исследования выполняются на образце и могут предоставить подробную информацию о микроскопических характеристиках ткани.

Гистопатологические исследования

Гистопатологические исследования, которые представляют собой микроскопическое исследование характерных аномалий тканей с использованием различных гистохимических и иммуногистохимических красителей, являются ключевым компонентом домена ИМ. Эти исследования могут предоставить информацию о гистологическом типе и степени, стадии, диагнозе и результатах окрашивания предметного стекла в результате патологоанатомического/гистопатологического исследования. Эти результаты могут помочь клиницистам и исследователям понять тяжесть и характер заболевания, а также его прогрессирование.

Неинвазивная оценка опухоли

Результаты ИМ также могут быть использованы для неинвазивной оценки опухолей, например, статуса PD-L1. PD-L1 — это белок, который может экспрессироваться на поверхности раковых клеток и играет ключевую роль в подавлении иммунной системы. Понимание статуса опухоли PD-L1 может предоставить ценную информацию о ее поведении и о том, как она может реагировать на определенные виды лечения, особенно иммунотерапию.

Заключение

Роль данных биомаркеров в клинических исследованиях быстро растет. По мере расширения этой области все более важным становится создание набора данных, совместимого с отправкой. Проект CDISC SDTMIG-PGx определяет стандарт картирования данных биомаркеров, связанных с генами. Внедрение этих стандартов поможет стандартизировать данные и облегчит совместную работу с отраслевыми экспертами по клиническим исследованиям и стандартам данных.

Понимание данных биомаркеров имеет решающее значение для правильного захвата значений, собранных в домене SDTM. Будущая работа в этой области должна быть сосредоточена на разработке новых доменов SDTMIG-PGx для поддержки различных типов данных биомаркеров. Поскольку клинические испытания продолжают развиваться и становиться все более сложными, важно, чтобы наши стандарты данных развивались вместе с ними. Поступая таким образом, мы можем гарантировать, что максимально используем богатство данных, полученных в ходе этих испытаний, что в конечном итоге расширит наше понимание болезней и наших возможностей их лечения.