Я совсем новичок в python, и я был бы признателен за некоторую помощь, если это возможно. Я сравниваю геномы двух близкородственных организмов [E_C и E_F] и пытаюсь определить некоторые основные вставки и делеции. Я провел парное выравнивание FASTA...

Я немного застрял, пытаясь решить эту проблему. Основной источник путаницы возникает из-за того, что вы не знаете, когда убрать коробку. Вот мой подход: Я смотрю на контейнер столбец за столбцом. Если самое верхнее поле исходного поля...

Каков типичный размер файлов последовательностей при проведении попарного выравнивания последовательностей? Можем ли мы выровнять весь геном организмов?

Основываясь на справочной странице biopython здесь , я могу фильтровать столбцы выравнивания на основе первых или последних 10, я могу даже собрать воедино подвыравнивание, используя align[:, :10] + align[:, -10:] align является объектом...

Входной текстовый файл в формате fasta: http://www.jcvi.org/cgi-bin/tigrfams/DownloadFile.cgi?file=/opt/www/www_tmp/tigrfams/fa_alignment_PF00205.txt #!/usr/bin/python from Bio import AlignIO seq_file =...

Пожалуйста, помогите мне понять эту формулу (если кому-то интересно, это алгоритм Needleman-Wunsch), я должен написать код, который использует рекурсию, но я не понимаю, как это сделать, у меня уже есть полная динамика версия написана, поэтому я...

У меня есть файл FASTA размером 600 МБ, содержащий множество блоков выравнивания из 12 видов, и я хочу разделить их на более мелкие файлы FASTA, содержащие по одному блоку с соответствующими выравниваниями. У меня есть sed-скрипт, который выглядит...

Привет . У меня есть две последовательности числовых данных, скажем: S1: 1,6,4,9,8,7,5 и S2: 6,9,7,5 И я хотел бы найти выравнивание последовательностей как в смысле слева-направо, так и справа-слева. Итак, я использовал 2 метода, прежде чем...

Я создаю функцию, которая находит некоторое выравнивание по некоторой метрике. Он получает матрицу с уже вычисленными значениями подобия: weighted_res может быть: [[0.2, 0.5, 0.3], [0.1, 0.2, 0.4], [0.8, 0.2, 0.4], [0.1, 0.2, 0.7], [0.1,...

Я пишу сценарий, который может заменить все экземпляры аминокислотного остатка в столбце файла выравнивания FASTA. Используя AlignIO, я могу только прочитать файл выравнивания и извлечь из него информацию, но не могу изменить их последовательности....

У меня есть данные, описывающие упорядоченный набор дискретных событий (или состояний). Есть 34 возможных состояния, которые могут возникать в любом порядке и могут повторяться. Каждая последовательность событий может содержать любое количество...