В настоящее время я работаю с файлом .pdb ( банком данных о белках ). файл на питоне. Моя конечная цель — превратить скрипт Python обратно в файл pdb, чтобы я мог запускать симуляции либо в VMD, либо в PyMol. Может ли кто-нибудь помочь?

Итак, я использую скрипт PyMOL для поиска остатков на поверхности белка (находится на http://www.pymolwiki.org/index.php/FindSurfaceResidues ). И мне нужно, чтобы он написал текстовый файл, содержащий имя белка, выбранного в данный момент в сеансе...

Я пытаюсь найти расстояния между остатками белка в pymol, используя скрипт python, который вызывает команду pymol cmd.get_distance. Однако иногда есть несколько назначений атомов, что вызывает ошибку: GetDistance-Error: Selection 2 doesn't...

Если я хочу выбрать остаток на белке (скажем, десятый остаток), при написании сценария PyMOL я могу использовать следующий код, чтобы назначить его переменной «pep». select pep, (resi 10) Однако, если я попытаюсь использовать...

Я хочу запускать команды в консоли pymol через скрипт bash. Как мне это сделать? Ниже мой код, но он не работает. #!/bin/bash ## ## PyMOL startup script ## # Set PYMOL_PATH to point to this directory export PYMOL_PATH="$(dirname "$(readlink -f...

С помощью этого PDB-файла и следующего PyMOL код: cd /Users/foo/Desktop/ reinitialize load pdp_4gg6CD1_I.pdb as cartoon select chainI, chain I select chainC, chain C select chainD, chain D show sticks, chainI spectrum count, cyan_red,...

Я пытаюсь изменить цвет многих объектов в pymol из python. Я сделал это для цикла obs = ['R8', 'R1X', 'R2X', 'R11'] for i in obs: print "color gray, %s" % i от пимоля я бегу run myscript.py но интерфейс pymol просто печатает...

Я только начинаю писать код на Python/Tkinter для небольшого плагина Pymol. Здесь я пытаюсь создать кнопку-переключатель и сообщать о ее статусе при нажатии. Кнопка перемещается вверх и вниз, но toggleAVA никогда не вызывается. Есть идеи, почему?...

Я написал скрипт на Python, который принимает исходный результат и выводит его в виде скрипта pml (серия команд PyMoL). Когда я запускаю файл в pymol, некоторые команды запускаются, но командная строка возвращает «Неверный выбор» Selector-Errors....

Используя пакет R bio3d , я хотел бы нарисовать связи между двумя атомами в белке и разобрать структуру на PyMOL, используя пакет pymol() . library(bio3d) # Import PDB file pdb <- read.pdb( system.file("examples/1hel.pdb", package="bio3d")...

я использую это set_dihedral atom1_name, atom2_name, atom3_name, atom4_name, angle Например set_dihedral 22/C, 23/C, 26/C, 27/C, 130 Итак, я хочу изменить двугранные связи этих атомов Но когда я написал: set_dihedral...

Я работаю с 5IVW, загруженным из PDB. У этого есть 5 субъединиц; каждый имеет свою собственную нумерацию остатков - если я окрашиваю остатки 1-100, окрашиваются 5 наборов остатков. Если я выбираю атомы мышью, я вижу идентификацию субъединицы:...

Я пишу парсер для разбора файлов PyMOL (язык биоинформатики). Я знаю, что char с двойными кавычками создает строку типа "text" . Но одинарная кавычка ' отличается. Вот пример строк PyMOL с этим странным символом. load dat/names.pdb select...