Вопросы по теме 'pymc3'
Отладка расчетов вероятности pymc
Я попытался смоделировать смесь экспонент, скопировав пример смеси гауссианов, приведенный здесь . Код ниже. Я знаю, что здесь есть некоторые странные аспекты вывода, но мой вопрос больше о том, как отлаживать вычисления в таких моделях.
Идея...
554 просмотров
schedule
04.09.2022
Детерминированные переменные и функция Fortran Scipy в PyMC 3
Я пытаюсь построить простую модель PyMC 3, в которой я оцениваю две точки отсечения и параметр корреляции в скрытой двумерной гауссовой плотности, производя четыре предсказанные вероятности для вектора (полиномиального) подсчета. (Я надеюсь, что в...
488 просмотров
schedule
04.07.2023
настройка MCMC с логарифмической вероятностью и логарифмической нормой до использования PyMC
Я новичок в pyMC, и я все еще не могу построить структуру своего MCMC с помощью pyMC. Я хотел бы создать цепочку, и я не понимаю, как вместе определить мои параметры и функцию логарифма правдоподобия. Моя функция хи-квадрат определяется следующим...
1039 просмотров
schedule
15.03.2024
Как определить модель в PyMC3 с одним параметром, ограниченным одним и тем же значением для нескольких условий
Я хочу написать модель, как показано ниже. Основная идея в том, что у меня несколько состояний (или обработок) все параметры оцениваются для каждого состояния независимо, кроме параметра каппа, который одинаков для всех состояний.
with pm.Model()...
1212 просмотров
schedule
02.06.2024
Полиномиальная логистическая регрессия - pymc3
Я начал пробовать pymc3, и мне нужно реализовать полиномиальную модель логистической регрессии. Я изучал руководства Твиеки и понимаю его реализации моделей иерархической регрессии (см. https://twiecki.github.io/blog/2014/03/17/bayesian-glms-3/ ), а...
1996 просмотров
schedule
22.02.2023
pymc3: параллельные вычисления с njobs›1 против GPU
Я пытаюсь ускорить выборку pymc3 с помощью распараллеливания и вижу лишь скромную выгоду.
Мне удалось сократить общее время работы с 25 минут (njobs=1) до 13 минут (njobs=6) на i7 MacBook Pro. Из-за того, что до того, как pymc фактически начнет...
1215 просмотров
schedule
19.01.2023
Пользовательская вероятность в pymc3
Как я могу определить пользовательскую вероятность в PyMC3? В PyMC2 я мог бы использовать @pymc.potential . Я пытался использовать pymc.Potential в PyMC3, однако кажется, что логические операции нельзя применять к параметрам (я получаю сообщение...
3801 просмотров
schedule
25.03.2022
Ошибка оптимизации для pymc3
Я пытаюсь создать относительно простую иерархическую байесовскую модель, используя pymc3. Однако я продолжаю получать сообщение об ошибке. Код:
import numpy as np
import pymc3 as pm
# Example data.
ncond = 4
nSubj = 40
trials = 64
N =...
275 просмотров
schedule
06.04.2023
NUTS pymc3 не может хорошо работать с моей иерархической моделью для байесовских нейронных сетей?
У меня есть иерархическая модель для изучения байесовских сетей с единственным скрытым слоем. Сетевые параметры разделены на 4 группы весов и смещений «вход-скрытый» и «скрытый-выход». Гауссовский априор определяется для каждой группы параметров....
841 просмотров
schedule
20.03.2023
PyMC3, как реализовать скрытое распределение дирихле?
Я пытаюсь реализовать lda с помощью PyMC3.
Однако при определении последней части модели, в которой слова выбираются на основе их тем, я продолжаю получать сообщение об ошибке: TypeError: индексы списка должны быть целыми числами, а не...
1098 просмотров
schedule
15.05.2022
Можно ли создать иерархическую модель в PyMC3 с использованием категориальных случайных величин?
Я пытаюсь сравнить две модели ( пример из блога Джейка Вандерпласа) с использованием PyMC3, но я не могу заставить мой модифицированный код работать (функции best_theta() и logL() объясняются в блоге Джейка, который доступен по адресу IPython...
965 просмотров
schedule
22.11.2022
Как установить параметры распределения Бернулли в pymc3
У меня есть модель, описанная в pymc3, с использованием следующего:
from pymc3 import *
basic_model = Model()
with basic_model:
# Priors for unknown model parameters
alpha = Normal('alpha', mu=0, sd=10)
beta = Normal('beta', mu=0,...
3423 просмотров
schedule
29.07.2023
Theano Scan and Repeat
В Theano есть возможность использовать функцию повторения T.repeat(A,B) и задать пару векторов, чтобы каждый элемент A[i] повторялся B[i] раза.
К сожалению, эта операция не имеет определенного градиента (она генерирует исключение...
284 просмотров
schedule
14.07.2022
Регрессия Softmax (полиномиальная логистика) с PyMC3
Я пытаюсь реализовать логистическую полиномиальную регрессию (регрессия AKA softmax). В этом примере я пытаюсь классифицировать набор данных радужной оболочки.
У меня проблема с указанием модели, я получаю ошибку оптимизации с find_MAP() . Если...
1566 просмотров
schedule
14.12.2022
Факторы Байеса в pymc3
Меня интересует вычисление байесовских факторов для сравнения двух моделей в PyMC 3. Согласно этому веб-сайту в PyMC 2 процедура кажется относительно простой: включить случайную переменную Бернулли и настраиваемую функцию правдоподобия, которая...
1629 просмотров
schedule
13.11.2022
Гауссова модель смешивания PyMC3
Я следил за примером смешанной модели Гаусса для PyMC3 здесь: https://github.com/pymc-devs/pymc3/blob/master/pymc3/examples/gaussian_mixture_model.ipynb и прекрасно работает с искусственным набором данных.
Я пробовал это с реальным набором...
2527 просмотров
schedule
08.02.2023
Как наложить результаты подгонки для дискретных значений в pymc3?
Я совершенно новичок в pymc3, поэтому, пожалуйста, извините тот факт, что это, вероятно, тривиально. У меня очень простая модель, в которой я предсказываю бинарную функцию отклика. Модель является почти дословной копией этого примера:...
140 просмотров
schedule
05.05.2022
pymc3 генерирует стохастические переменные с массивом параметров
В pymc3 стохастическая переменная формы массива, скажем, 3, может быть сгенерирована следующим образом
y = Normal('y', mu, sigma, shape=3, observed=some_data)
Теперь предположим, что y зависит от массива параметров mu = [1,2,3] и sigma =...
509 просмотров
schedule
20.02.2023
Правильное получение входных размеров в pymc3
Скажем, у меня есть 10 монет одного монетного двора, я переворачиваю их каждые 50 раз, теперь я хочу оценить смещение монетного двора, а также индивидуальное смещение всех монет.
То, как я хочу сделать это, выглядит следующим образом:
#...
311 просмотров
schedule
12.08.2023
IndexError: только целые числа, срезы (`:`), многоточие (``) . .
Я использую pymc3, чтобы найти наилучший вариант для 3D-поверхности. Это код, который я использую.
with Model() as model:
# specify glm and pass in data. The resulting linear model, its likelihood and...
6395 просмотров
schedule
12.12.2022
