Публикации по теме 'pubmed'


Легко скачать тезисы PubMed
Легко скачать тезисы PubMed Простой способ загрузить все рефераты PubMed (плюс некоторую другую информацию) Я довольно много работаю с этими данными для НЛП, и мне было несколько сложно получить данные непосредственно с веб-сайта PubMed. Поэтому я создал сценарий, чтобы помочь другим избежать этой проблемы. См. мой github для кода . Краткое содержание У Huggingface есть этот набор данных, доступный для быстрого доступа: ссылка . Проблема в том, что это 360 ГБ + для загрузки..
Анализ настроений медицинской литературы
Пубмед . На сегодняшний день он включает около 30 миллионов статей и является самым ценным ресурсом для ученых-биомедиков. Pubmed объединяет большую часть опубликованной литературы в этом пространстве. В результате это первая остановка в генерации гипотез, исследовании, тестировании и проверке. Думайте об этом как о Google для ученых-биомедиков. Не только ученые-биомедики, но и большинство исследователей, когда они выдвигают новую захватывающую идею, т.е. Свежий взгляд на то, почему..

Вопросы по теме 'pubmed'

преобразование одного формата запроса в другой
Я в недоумении. Я пытаюсь заставить это работать уже несколько дней. Но я ничего не получу с этим, поэтому я решил проконсультироваться с вами, ребята, и посмотреть, сможет ли кто-нибудь мне помочь! Я использую pyparsing, пытаясь преобразовать...
467 просмотров
python lucene pubmed pyparsing
schedule 17.08.2022
Разбор PubMed XML для отправки в базу данных mySQL (XML::Twig)
Я новичок в XML::Twig, и я пытаюсь разобрать итоговое резюме PubMed XML 2.0, чтобы поместить его в базу данных mySQL. Я зашел так далеко: #!/bin/perl -w use strict; use DBI; use XML::Twig; my $uid = ""; my $title = ""; my $sortpubdate = ""; my...
1195 просмотров
mysql xml-parsing perl pubmed xml-twig
schedule 05.04.2022
Есть ли способ с помощью biopython получить полный реферат из опубликованной статьи?
В настоящее время у меня есть следующий код, который публикует запросы: from Bio import Entrez Entrez.email = "[email protected]" # Always tell NCBI who you are handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="bacteria") record =...
2655 просмотров
python biopython pubmed
schedule 18.09.2022
Как искать в PubMed или других базах данных с помощью R
Недавно я использовал отличный rplos пакет , который упрощает поиск документов, размещенных в общедоступном API научной библиотеки (PLOS). Я столкнулся с загвоздкой в ​​том, что в самом API, похоже, отсутствует некоторая информация - главная из...
2359 просмотров
r ropensci doi pubmed
schedule 30.03.2023
PHP: Повышена скорость возврата терминов Mesh из базы данных Entrez (Pubmed)
Я хочу извлечь термины Mesh из результатов поиска в базе данных Pubmed. Я использую php. Я сделал сценарий, который работает, но очень медленно. Он открывает каждую статью, анализирует XML и извлекает термины сетки. Функция «fopen» - это...
250 просмотров
php performance pubmed
schedule 03.09.2023
Как преобразовать XSLT элементы вложенных атрибутов XML и объединить имена
Я совсем не разбираюсь в XML/XSLT. Я просто пытаюсь узнать достаточно, чтобы преобразовать этот XML-файл во что-то, что может использовать моя база данных Access. Данные XML были выведены в формате атрибута, а Access предпочитает только формат...
1093 просмотров
xml transformation xslt pubmed
schedule 15.05.2023
Анализ XML: поиск интересных элементов с помощью ElementTree
Я использую urllib и ElementTree для анализа вызовов XML API из pubmed. Пример этого: #Imports Modules that can send requests to URLs #Python Version 3.4 Using IEP (Interactive Editor for Python) as IDE import urllib.request import...
299 просмотров
python-3.x python xml xml-parsing pubmed
schedule 08.01.2023
Использованиеrentrez для анализа автора и принадлежности из pubmed
Моя общая цель — построить сетевой граф соавторов. У меня есть список идентификаторов PubMed, и это единственные публикации, которые меня интересуют для построения графика сети соавторов. Я не могу понять, как получить имена авторов и...
557 просмотров
r xml pubmed author rentrez
schedule 22.02.2023
Разбор XML-файла в R с помощью rentrez
Я не XML эксперт. У меня возникла проблема при разборе файла XML с помощью rentrez . Я пытаюсь получить автора и принадлежность к каждому pmid (идентификатор статьи в базе данных PubMed) в качестве вывода. У меня есть код, который работает...
518 просмотров
r xml xpath ropensci pubmed
schedule 30.07.2022
Biopython и получение полного названия журнала
Я использую Biopython с Python 3.x для поиска в базе данных PubMed. Я правильно получаю результаты поиска, но затем мне нужно будет извлечь все названия журналов (полные названия, а не только сокращения) из результатов поиска. В настоящее время я...
243 просмотров
python-3.x biopython pubmed
schedule 18.10.2022
Есть ли какой-нибудь быстрый и эффективный способ получить тезисы из pubmed?
Я хотел бы загрузить большие научные абстрактные данные, скажем, около 2000 идентификаторов Pubmed. Мой код на Python неаккуратный и работает довольно медленно. Есть ли какой-нибудь быстрый и эффективный способ собрать эти рефераты? Если это...
860 просмотров
biopython pubmed
schedule 08.03.2023
Эффективное получение идентификаторов из PubMed
В настоящее время я работаю над поиском прямых связей между цитированием в PubMed/MEDLINE и регистрацией клинических испытаний. В частности, учитывая один PMID, я хочу найти все идентификаторы цитирования в любом реестре клинических испытаний....
148 просмотров
python performance regex pubmed
schedule 16.03.2023
Как добавить элементы списка в новый столбец фрейма данных внутри другого списка в r?
Я пытаюсь извлечь имена соавторов и принадлежность ко всем публикациям в pubmed. Мне удалось получить список имен авторов в кадре данных, но теперь мне нужно добавить принадлежность к имени. Я пытался сделать это, но я не уверен, как это сделать....
95 просмотров
r text-mining dplyr pubmed
schedule 21.06.2022
Веб-скрейпинг Python Pubmed Abstract — Аннотация объединяется с первым словом (например, AbstractINTRODUCTION:)
Я просматриваю веб-аннотации с Pubmed.gov, и, хотя я могу получить нужный мне текст, слово «аннотация» сочетается с первым словом аннотации. Вот образец резюме: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30470520 Например, первое слово становится...
301 просмотров
python text web-scraping regex pubmed
schedule 04.05.2023
Извлечение сведений об авторах с помощью pubmed api
Я хочу извлечь принадлежность (в частности, информацию о стране) только для первого и последнего авторов конкретной статьи, используя опубликованный API. Используя краткий поиск eutils, вы можете включить тег принадлежности [ad], например. Австралия...
173 просмотров
javascript pubmed
schedule 13.07.2022
Извлекать текст цитирования из результатов поиска PubMed с помощью BeautifulSoup и Python?
Поэтому я пытаюсь извлечь все цитаты в формате AMA из поиска PubMed из каждой статьи. Следующий код предназначен только для получения данных о цитировании из первой статьи. import requests import xlsxwriter from bs4 import BeautifulSoup URL =...
302 просмотров
python beautifulsoup pubmed
schedule 16.06.2023
Извлечение данных об аффилиации из одной записи PubMed
Мне удалось извлечь данные о принадлежности из одной опубликованной записи, используя easyPubMed и множество поисков (я все еще очень новичок в R). Проблема с данными заключается в том, что они сообщают только одну часть информации о принадлежности,...
122 просмотров
r url xml string pubmed
schedule 15.06.2023
когда я пытаюсь получить все сведения о статье из запроса PubMed в Pandas DataFrame и экспортировать их все в CSV
from pymed import PubMed pubmed = PubMed(tool="PubMedSearcher", email="[email protected]") search_term = "Your search term" results = pubmed.query(search_term, max_results=500) articleList = [] articleInfo = [] for...
139 просмотров
python pubmed
schedule 23.07.2023