Я хотел бы удалить различные лиганды из записей PDB. Достаточно ли удалить HET, HETNAM, HETATM...., т.е. те, где соединение идентифицируется своим 3-буквенным кодом, или нужно чистить еще какие-то поля? Есть ли уже написанный для этой цели скрипт...

В настоящее время я работаю с файлом .pdb ( банком данных о белках ). файл на питоне. Моя конечная цель — превратить скрипт Python обратно в файл pdb, чтобы я мог запускать симуляции либо в VMD, либо в PyMol. Может ли кто-нибудь помочь?

Я новичок в программировании на питоне. Я работаю над структурными координатами. У меня есть структура pdb из 1000 атомов, которые имеют информацию о координатах xyz. Моя структура может иметь любую форму. Я изо всех сил пытаюсь найти...

Я пытаюсь получить последовательности кодирующих белков из базы данных NCBI из конкретных биопроектов. Это может быть достигнуто как-то с помощью веб-браузера. Например, вы можете найти интересующий вас конкретный биопроект и «щелкнуть» по...

Я пытаюсь Matlab построить график рамачандрана без использования встроенной команды. Я тоже преуспел. Теперь я хотел найти только GLYCINE в массиве рассеяния. Любые идеи, как это сделать? (ссылка на файл 1UBQ.pdb:...

У меня есть файл PDB, который содержит несколько цепочек, но без цепочек. Я хотел бы использовать R для назначения цепочек, чтобы я мог анализировать отдельные белковые цепи и находить определенные сайты в каждой. В настоящее время я использую...

Я видел много примеров SIFT только для двумерного изображения: http://docs.opencv.org/3.1.0/da/df5/tutorial_py_sift_intro.html . Но в Википедии написано, что SIFT можно применять и для "3D моделирования". Пожалуйста, помогите мне найти примеры для...

Я хочу извлечь файлы FASTA с аминокислотной последовательностью из базы данных Moonlighting Protein Database (www.moonlightingproteins.org/results.php?search_text=) с помощью Python, поскольку это итеративный процесс, который я предпочел бы научиться...

Я изучаю Perl и пытаюсь понять, как выполнить эту задачу. У меня есть папка с кучей текстовых файлов, и у меня есть файл ions_solvents_cofactors , который содержит список из трех букв. Я написал скрипт, который открывает и читает каждый файл в...

Я пытаюсь отделить РНК от белка в сложном PDB-файле белок / РНК, и мне нужна вся информация о РНК с гетероатомами между основаниями, НО без H2O и т. Д. Короче говоря, я хочу, чтобы РНК-часть файла pdb была без прерывистых линий. Мне удалось...

Мой проект основан на анализе моделирования методом МД системы, содержащей водяную камеру и липидный бислой, содержащий встроенный в него аквапорин. В этой системе выполняется моделирование с временным шагом 150 нс для изучения анализа проникновения...