Вопросы по теме 'phylogeny'

Проверить, эквивалентны ли два дерева
Ниже приведены три эквивалентных представления одного и того же дерева (филогенетические). Я пытаюсь выяснить алгоритм, чтобы проверить, эквивалентны ли два представления дерева. Деревья считаются эквивалентными, если отношения родитель-потомок...
1022 просмотров
algorithm bioinformatics phylogeny
schedule 01.09.2022
Все возможные регрессии в R: сохранение коэффициентов в матрице
Я запускаю код для всех возможных моделей филогенетической обобщенной линейной модели. У меня возникла проблема с извлечением и сохранением бета-коэффициентов для каждой модели. Я хочу сохранить коэффициенты в матрицу, где столбцы соответствуют...
7309 просмотров
r matrix phylogeny
schedule 12.05.2022
Филоком не ультраметрическое дерево против ультраметрического дерева
Опять таки. Мне нужна помощь еще раз. В настоящее время я занимаюсь программным обеспечением PHYLOCOM для определения характеристик филогении из различных образцов. Это программное обеспечение позволяет вам рассчитать, демонстрирует ли ваш вид...
1217 просмотров
r tree phylogeny
schedule 07.02.2022
Кластеры из филогенетического дерева
У меня есть филогенетическое дерево, которое показывает гены и то, как они группируются. Он был построен с использованием матрицы евклидовых расстояний и пакета ape. Для получения дополнительной информации, вот более ранняя ссылка....
1000 просмотров
r hierarchical-clustering tree phylogeny r-ape
schedule 15.03.2023
Как в R упорядочить вектор данных по верхушкам и краям филогенетического дерева?
Я хочу построить филогенетическое дерево с цветами в соответствии с некоторыми значениями, оцененными для каждой ветви этого дерева. В соответствии с plot.phylo и различными функциями phytools возможно: plot.phylo(tree,edge.color=col) но...
1716 просмотров
r colors tree phylogeny
schedule 17.10.2022
Используйте Python для извлечения длин ветвей из формата Newick
У меня есть список в python, состоящий из одного элемента, который представляет собой дерево, написанное в формате Newick, как показано ниже:...
1819 просмотров
python regex phylogeny dna-sequence
schedule 12.10.2022
igraph теряет внутреннюю структуру узла из филогенетического дерева (преобразование дерева as.igraph ())
Я преобразовал филогенетическое дерево в объект графа графа в R. Преобразование довольно простое. (Я даже написал свой собственный) x <- read.tree(treeName) #library(ape) xg <- as.igraph(x) #library(igraph) xn <- as.network(x)...
1078 просмотров
r igraph phylogeny
schedule 09.03.2023
Отображение дискретных символьных данных о филогении с помощью R
Кто-нибудь знает, как я могу отображать символьные данные на подсказках по филогенезу, представленные в виде геометрических фигур разного цвета? Я ищу что-то вроде этого:...
776 просмотров
r plot bioinformatics phylogeny
schedule 31.08.2022
переукореняемая чисто функциональная древовидная структура данных
Недавно я купил Inferring Phylogenies Джозефа Фельзенштейна, который — отличная книга о математических и вычислительных методах построения филогенетических деревьев, и мы экспериментировали с реализацией некоторых описанных в ней алгоритмов. В...
305 просмотров
functional-programming clojure tree purely-functional phylogeny
schedule 19.06.2023
Филогенетическая реконструкция предка: укажите модель однонаправленного изменения состояния персонажа [обезьяна] [фитоинструменты]
Допустим, у меня есть филогенетическое дерево и некоторые символьные данные для моего дерева. У меня есть один символ, который, как я знаю, является однонаправленным: скорость перехода от 0 к 1 положительна, но скорость перехода от 1 к 0 равна нулю...
428 просмотров
r phylogeny ape-phylo
schedule 05.12.2022
Как в python изменить размер шрифта листовых узлов при создании филогенетических деревьев с помощью Bio.Phylo.draw()?
Я использую пакет Phylo от Biopython для создания филогенетических деревьев. Для больших деревьев мне нужно уменьшить размер шрифта листовых узлов. Было предложено изменить matplotlib.pyplot.rcParams['font.size'], но это позволяет мне изменять...
2207 просмотров
python draw tree biopython phylogeny
schedule 22.02.2023
Метки редактирования филогенетического дерева Biopython в файле SVG
Я пытаюсь добавить полную метку в свое филогенетическое дерево, используя библиотеку Python Biopython с Phylo.draw(). Я импортирую свой формат файла newick, рисую его и сохраняю: from Bio import Phylo import pylab f = 'path/to/my/file' tree =...
984 просмотров
python svg biopython phylogeny
schedule 20.10.2022
Использование cutree с филообъектом (некорневым деревом) в R
Я хотел бы использовать функцию cutree () для кластеризации филогенетического дерева в указанное количество клад. Однако филогенетический объект (некорневое филогенетическое дерево) не является альтраметрическим и поэтому возвращает ошибку при...
854 просмотров
r hclust phylogeny
schedule 11.09.2022
Phyloxml: найти и заменить в файле
Я пытаюсь отредактировать метки наконечников в файле phyloxml, чтобы они состояли только из 4 цифр. Например, то, что у меня сейчас есть под именем в файле phyloxml, — это идентификаторы слева. Мне нужны идентификаторы справа: ACOM042150-PA...
91 просмотров
python biopython phylogeny
schedule 01.11.2022
Раскрасьте кончики филогенетического дерева по видам человека
Я пытаюсь построить филогенетическое дерево с начальной загрузкой, используя определенную методологию здесь . Отображение имени каждого человека (названного 1,2,3,4, ... для этих примеров) неинформативно, так как у меня ОГРОМНЫЙ набор данных....
1173 просмотров
r bioinformatics tree phylogeny ape
schedule 21.04.2023
Создайте консенсусное дерево из нескольких деревьев, используя Bio.phylo
Меня интересуют 4 гена домашнего хозяйства в геноме энтеробактерий. Итак, у меня есть гены домашнего хозяйства, я взорвал NR и загрузил выровненные последовательности. Я построил филогенетические деревья с помощью программы MEGA7 методом...
685 просмотров
python bioinformatics biopython phylogeny
schedule 17.06.2022
Курсив и обычный текст в метках наконечников по филогении в R
Следующий код построит филогенетическое дерево с метками кончиков, выделенными курсивом, и символами подчеркивания, замененными пробелами. library(ape) tr <- rtree(5, tip.label=c("a_b_x1", "b_c_2", "c_d_3y", "d_e_4", "e_f_5")) plot(tr) Как...
500 просмотров
r regex plotmath phylogeny
schedule 20.02.2023
Не удается открыть файл .biom для построения дерева Phyloseq
После попытки прочитать файл биома: rich_dense_biom <- system.file("extdata", "D:\sample_otutable.biom", package = "phyloseq") myData <- import_biom(rich_dense_biom, treefilename, refseqfilename, parseFunction =...
403 просмотров
r bioinformatics phylogeny
schedule 25.11.2023
Указание цветов в филогенетической реконструкции наследственного состояния
Я пытаюсь указать цвета, используемые в моем анализе реконструкции наследственного состояния, чтобы затем использовать те же цвета в других графиках с теми же данными. Однако, когда я использовал nodelabels из ape, указанные мной цвета не совпадают...
83 просмотров
r phylogeny ape-phylo
schedule 19.02.2024
Точки рисования в филогенетическом дереве R
Я хотел бы нарисовать только одну точку на первом узле, а затем нарисовать еще одну в первом наконечнике. Пока я мог рисовать точки, но только все сразу, и я не могу найти способ нарисовать их по отдельности. Что у меня есть на данный момент:...
171 просмотров
r phylogeny
schedule 30.05.2022