Вопросы по теме 'pheatmap'
Проблемы с использованием pheatmap
Я пытаюсь поиграться с pheatmap и застреваю в самом начале.
Создание примера игрушки:
library(pheatmap)
set.seed(1)
my.mat <- matrix(rnorm(90), nrow = 30, ncol = 30)
rownames(my.mat) <- 1:30
colnames(my.mat) <- 1:30
col.scale =...
2192 просмотров
schedule
22.04.2022
Как я могу объединить несколько тепловых карт, используя R в фигуре сигнала
Я создал 36 тепловых карт с помощью функции pheatmap и хочу отобразить их только на одном рисунке. Я пытался использовать функцию par(), но она не работала, не знаю почему. Может ли кто-нибудь сказать мне, что мне делать? Спасибо большое. Это мой...
1333 просмотров
schedule
15.02.2024
R — извлечение (p) цветов тепловой карты для использования в заливке полигонов.
Я создал тепловую карту в R размером n * k, можно ли извлечь отдельные цвета, используемые для i-го элемента?
Например, n=3 (столбцы) и k=50 (строки), n — произвольный уровень серьезности, а k — округ в Великобритании.
У меня есть полигоны для...
643 просмотров
schedule
19.06.2023
Как создать график geom_line над тепловой картой?
Я пытаюсь создать тепловую карту данных циркадной экспрессии генов и над ней показать измеренное поведение.
я хочу, чтобы это выглядело примерно так:
Обратите внимание, что 2 красные точки должны быть выше CT13 и CT37 (соответственно)......
1054 просмотров
schedule
16.02.2023
изменить ширину линии дендрограммы в pheatmap в R
Я использовал данные RNA-seq для одной клетки, хранящиеся в эксперименте с одной клеткой, чтобы выполнить иерархическую кластеризацию ~ 11,3000 экспрессируемых генов (не кластеризацию образцов) с использованием pheatmap в R, чтобы показать...
1068 просмотров
schedule
31.03.2023
Карта R: используйте логарифмическое масштабирование в легенде
у меня есть матрица
library(pheatmap)
set.seed(1)
mat <- matrix(rexp(200, rate=.001), ncol=20)
pheatmap(mat)
и есть одно значение, которое намного выше остальных. Поэтому я хотел бы использовать логарифмическое масштабирование для строки...
1352 просмотров
schedule
17.11.2023
скрыть значения NA при использовании функции display_numbers в тепловой карте
Я строю тепловую карту с помощью пакета pheatmap в r.
Я применил функцию display_numbers для отображения значений в матрице на тепловой карте и получил:
тепловая карта
У меня так много NA в моей матрице, и я хотел бы скрыть их в...
541 просмотров
schedule
27.07.2023
Pheatmap: изменение порядка листьев на дендограмме
Я создал тепловую карту с соответствующей дендограммой на основе иерархической кластеризации, используя пакет pheatmap . Теперь я хочу изменить порядок листьев на дендограмме. Предпочтительно использовать метод оптимальных листьев . Я искал, но...
1041 просмотров
schedule
20.06.2023
Pheatmap: сделать иерархическую кластеризацию на полной матрице, но отображать только подмножество строк
У меня есть набор данных об экспрессии генов, и я хочу показать тепловую карту некоторых генов. Во-первых, я хочу создать иерархическую кластеризацию на основе всех генов и создать дендрограмму, а затем создать тепловую карту для подмножества этих...
878 просмотров
schedule
28.06.2023
добавление информации в pheatmap
У меня есть эти данные
line_tab<-
elements scaffold start end Lengths A B C D E F G
BovB_1297 KQ417326.1...
100 просмотров
schedule
18.04.2023
Изменение длины ветвей в дендрограмме (тепловая карта)
Я пытаюсь построить тепловую карту с помощью библиотеки в R. Я думаю , что по умолчанию длина ветки пропорциональна «непохожести» кластеров, которые были объединены на этом этапе. Я хотел бы рискнуть, так что это фиксированное значение, потому что...
425 просмотров
schedule
06.05.2024
Тепловая карта не отображается блестящей, если я не изменю размер окна
Я новичок в блестящем и пытаюсь сделать блестящее приложение. Мне нужно построить тепловую карту, используя pheatmap на основе числового ввода от пользователя. Данные слишком большие, но вот воспроизводимые данные:...
339 просмотров
schedule
20.03.2023
Преобразование идентификаторов Ensembl мыши в имена генов во фрейме данных
Недавно я создал неконтролируемую иерархическую тепловую карту кластера, используя 30 различных образцов последовательности РНК. Ось x помечена как имя каждого образца, а ось y отображает 100 наиболее вариабельных генов, представленных как...
274 просмотров
schedule
13.03.2024
ТЕПЛОВАЯ КАРТА/GGPLOT R
Я пытаюсь создать тепловую карту уровня компетенции для производственного предприятия. Я пробовал как HEATMAP, так и GGPLOT. У меня есть пара вопросов по поводу использования GGPLOT — вот примеры данных. Я до сих пор не уверен, что даст мне лучший...
102 просмотров
schedule
26.12.2022
Как перевернуть узлы иерархической кластеризации в тепловую карту
У меня есть следующий код:
pheatmap::pheatmap(mtcars, clustering_method = "ward.D2")
Что создает сюжет, как показано ниже.
Я хотел бы сделать это:
Переместите узлы mpg и qsec после wt .
Переместите узлы disp и hp...
389 просмотров
schedule
21.12.2022
Pheatmap: изменить аннотацию, относящуюся к colData ()
Я пытаюсь создать pheatmap из попарных сравнений объекта DESEq, но я хочу, чтобы метки строк и столбцов были связаны с метаданными, а не были образцами имен.
Схема эксперимента: у меня просто есть 3 разных типа ячеек с 3 повторениями для каждой....
76 просмотров
schedule
19.06.2023
как поместить ключевые значения и легенды внизу тепловой карты
Кто-нибудь показывает мне, как поместить индекс ключа выражения и ключ легенды, чтобы они отображались в нижней части тепловой карты, используя тепловую карту? вы можете использовать следующий код для создания тепловой карты. Большое спасибо!...
313 просмотров
schedule
22.01.2023
