Вопросы по теме 'jags'
Что означает эта ошибка JAGS? Ошибка в слайсере: текущее значение не соответствует данным
Я использую JAGS и R, связанные через rjags и R2jags, чтобы соответствовать серии моделей. Все модели одинаковы, за исключением количества измерений одной скрытой переменной. (При необходимости я могу предоставить более подробную информацию.)...
902 просмотров
schedule
17.02.2023
Как добавить вертикальную линию к графикам апостериорной плотности с помощью plot.mcmc?
Я часто запускаю модели JAGS на смоделированных данных с известными параметрами. Мне нравится метод построения по умолчанию для mcmc объектов. Однако я хотел бы добавить abline(v=TRUE_VALUE) для каждого моделируемого параметра. Это дало бы мне...
1534 просмотров
schedule
14.11.2022
подсветка синтаксиса emacs для зазубрин / ошибок
Существуют ли пакеты для выделения цветом зазубрин и файлов моделей ошибок? У меня установлен ESS, но он, похоже, не распознает файлы .bug или синтаксис заусенцев / ошибок из коробки.
611 просмотров
schedule
28.09.2023
Ошибка в векторе (список, n.chains): недопустимый аргумент «длина»
Я использую R2jags и CODA для получения некоторой диагностической статистики для своих цепей MCMC, но у меня возникают проблемы. Я хочу запустить MCMC следующим образом:
modelfit <- jags(data=jags.data, inits=jags.inits, model.params, n.iter =...
5320 просмотров
schedule
14.06.2022
rJAGS-версия write.model()?
В пакете R2WinBUGS есть функция write.model() . Пакет R rjags не имеет такой функции, о которой я знаю. write.model создает временный текстовый файл, который может быть прочитан WinBUGS как модель.
Я знаю, что могу ввести write.model в...
672 просмотров
schedule
27.06.2022
Как реализовать параллельные зазубрины в Windows с помощью foreach?
Я хотел бы запускать модели jags параллельно на своем компьютере с Windows с 4 ядрами, но не смог понять, почему моя модель не запускается. Я много искал в Интернете, включая эти сообщения:
http://andrewgelman.com/2011/07/23/parallel-jags-rngs/...
3081 просмотров
schedule
09.12.2022
Как определить временную локальную переменную в jags?
Я хочу создать временную переменную в jags, но она не работает так, как работала бы в R.
for (cid in 1:CAMPAIGN_N) {
for (time in 1:DATE_N){
index <- time * CAMPAIGN_N + cid - 2
positives[index] ~ dbin( k[time]*ctr[cid],...
378 просмотров
schedule
18.08.2022
Вставка оценок из R в зазубрины
Для моего исследования мне нужно оценить дисперсию и вставить эти оценки в матрицу шкалы (называемую R в моем коде JAGS) моего распределения желаний в JAGS. Я использую R2JAGS (на Mac) и хотел бы знать, как это сделать с помощью кода R/JAGS? Я хочу...
146 просмотров
schedule
09.10.2022
Как сохранить объект модели JAGS в R?
Я использую пакет rjags для выполнения MCMC в R и хочу сохранить вывод функции jags.model для последующего использования в другом сеансе R.
Вот простой пример среднего значения нормального распределения:
library(rjags)
N <- 1000
x <-...
2966 просмотров
schedule
19.12.2022
Добавление/удаление сводок/графиков требует повторной компиляции объекта runjags
Поскольку объект runjags со всеми графиками слишком большой , я попытался run.jags с plot=FALSE , сохранить результирующий объект runjags в файл, восстановить его в новом сеансе R (как out ), а затем сгенерировать графики с помощью...
192 просмотров
schedule
28.06.2022
Слишком низкие значения psrf в сводке runjags?
Runjags сообщает об очень низком уровне psrf = 1.0047 для цепочки, у которой явно есть проблемы с конвергенцией:
> print(o, vars = "q_date2")
JAGS model summary statistics from 3000 samples (chains = 3; adapt+burnin = 1000):...
271 просмотров
schedule
19.04.2023
Есть ли способ сбросить значения узлов JAGS для отладки?
Я получил следующую ошибку от JAGS:
Error in node Y[107]
Invalid parent values
Из этой простой информации очень сложно выяснить, что там происходит. Это вызвано этой частью кода:
pi[j,1] <- 1 - M[site[j]] * phi[j] * (1 - (1 -...
1935 просмотров
schedule
09.07.2022
Будет ли JAGS оценивать все родительские узлы dcat или только нужный?
Скажем, у нас есть следующее утверждение:
for (i in 1:N) {
pi[i,1] <- ....
pi[i,2] <- ....
pi[i,3] <- ....
...
pi[i,100] <- ...
Y[i] ~ dcat(p[i,])
}
Допустим, что Y[1] = 5 . Будут ли jags оценивать все...
1251 просмотров
schedule
01.05.2023
Упорядоченный пробит в зазубринах с использованием масштабированного обратного рисунка желаний
Я пытаюсь использовать следующий код (адаптированный из кода, приведенного в книге Гельмана и Хилла), чтобы оценить пробит-модель с переменным коэффициентом/перехватом в Jags. Однако это дает мне "Наблюдаемый узел, несовместимый с ненаблюдаемыми...
335 просмотров
schedule
13.03.2023
Могу ли я указать JAGS автоматически перезапускаться после сбоя с начальными значениями?
Моя модель вышла из строя со следующей ошибкой:
Compiling rjags model...
Error: The following error occured when compiling and adapting the model using rjags:
Error in rjags::jags.model(model, data = dataenv, inits = inits, n.chains =...
555 просмотров
schedule
11.06.2023
Логистическая регрессия, когда ответ представляет собой пропорцию (с использованием JAGS)
Я пытаюсь подогнать модель логистической регрессии в JAGS, но у меня есть данные в виде (# успехов y, # попыток n), а не бинарной переменной. В R можно подогнать модель к таким данным, используя glm(y/n ~ ) с аргументом «веса», но я не уверен, как...
1334 просмотров
schedule
17.05.2023
Байесовское моделирование в пространстве состояний JAGS
Я пытаюсь использовать модель пространства состояний для оценки демографии населения (плодовитость, выживаемость, прирост населения, размер населения). У нас есть 4 разных возрастных состояния.
# J0 = number of individuals 0-1
# surv1 =...
469 просмотров
schedule
19.08.2022
Запуск логистической модели в JAGS - Можете ли вы векторизовать вместо цикла по отдельным случаям?
Я новичок в JAGS, так что это может быть глупый вопрос. Я пытаюсь запустить модель в JAGS, которая прогнозирует вероятность того, что процесс одномерного случайного блуждания пересечет границу A до пересечения границы B. Эта модель может быть решена...
333 просмотров
schedule
10.02.2023
Модель BUGS для (вложенных?) повторных измерений ANOVA
Мне было интересно, есть ли у кого-нибудь код для модели BUGS/JAGS для повторных измерений ANOVA? По сути, у меня есть ответ ( y ), который я хочу смоделировать с учетом времени суток , дня и лечения . >. Я также хотел бы включить два термина...
694 просмотров
schedule
08.02.2024
Управление объектом mcmc.list в R
Я использовал JAGS, вызываемый через rjags, для создания объекта mcmc.list foldD_samples, который содержит мониторы трассировки для большого количества стохастических узлов (>800 узлов).
Теперь я хотел бы использовать R для вычисления довольно...
3487 просмотров
schedule
15.08.2023
