Вопросы по теме 'hclust'
Как правильно раскрасить ребра или нарисовать прямоугольники в дендрограмме R?
Я сгенерировал эту дендрограмму , используя функции R hclust() , as.dendrogram() и plot.dendrogram() .
Я использовал функцию dendrapply() и локальную функцию для окрашивания листьев, которая отлично работает.
У меня есть результаты...
2715 просмотров
schedule
29.09.2022
Извлечение древовидной структуры текста из hclust в R
В рамках проекта прогнозирования спроса я хотел бы определить лучший способ группировки временных рядов, которые имеют сходство друг с другом, чтобы я мог применить алгоритм прогнозирования сверху вниз. На данный момент мой ключевой вопрос...
1164 просмотров
schedule
28.04.2023
Построить горизонтальную дендрограмму с висящими листьями? (Р)
Я хотел бы создать график дендрограммы с горизонтальными метками, но чтобы листья висели в соответствии с их высотой, а не просто опускались на край графика.
Пример:
par(mfrow = c(1,2))
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plot(hc) # a plot...
3164 просмотров
schedule
13.09.2023
Интерпретация результата «cutree» из hclust/heatmap.2
У меня есть следующий код, который выполняет иерархическую кластеризацию и отображает их на тепловой карте.
set.seed(538)
# generate data
y <- matrix(rnorm(50), 10, 5, dimnames=list(paste("g", 1:10, sep=""),
paste("t", 1:5, sep="")))
# the...
2115 просмотров
schedule
19.12.2022
Как выделить определенные метки в дендрограмме?
Я сделал кластерный анализ, используя простой следующий код
hc2 = hclust(dist(geno.imp))
pdf(file="file.pdf", width=50)
plot(hc2,cex=0.2)
dev.off()
Я хочу выделить некоторые конкретные листья (не узлы). У меня есть список этих листьев в...
1667 просмотров
schedule
06.01.2024
Тепловая карта биологических данных о ходе времени
Данные ниже показывают подмножество моих генов с дифференциальной экспрессией в моем наборе данных. Эти гены сильно меняются с течением времени. Как лучше всего отобразить эти изменения на тепловой карте? На данный момент я использовал...
893 просмотров
schedule
21.07.2022
R разрезать дендрограмму на группы минимального размера
Есть ли простой способ вычислить наименьшее значение h в cut , которое создает группы заданного минимального размера?
В этом примере, если мне нужны кластеры, содержащие не менее десяти членов в каждом, я должен использовать h = 3.80 :
#...
1962 просмотров
schedule
19.05.2022
Использование cutree с филообъектом (некорневым деревом) в R
Я хотел бы использовать функцию cutree () для кластеризации филогенетического дерева в указанное количество клад. Однако филогенетический объект (некорневое филогенетическое дерево) не является альтраметрическим и поэтому возвращает ошибку при...
854 просмотров
schedule
11.09.2022
R-рассчитать расстояние между элементами фрейма данных без использования функции dist()
У меня большой набор данных (~ 188000 строк), я хочу рассчитать расстояние между своими строками, чтобы затем применить функцию hclust для определения центров моего набора данных, а затем применить функцию kmeans для классификации моих данных....
415 просмотров
schedule
04.06.2023
Как создать вектор с переменными для использования в hclust
Я использую функцию hclust в большом сценарии, примененном к df, как в этом примере:
HClust <- hclust(d = dist(model.matrix(~-1 + A + B + C + D, df))^2, method = "centroid")
Я хотел бы указать только один раз переменные в df, например....
161 просмотров
schedule
11.05.2023
hclust и ggplotr
У меня есть файл со значениями, как показано ниже
gene_name s1 s2 s3 s4 s5
gene1 0.5004357 -0.9613324 1.4624021 -0.8051191 -0.1963863
gene2 1.1662839 -0.3210387 -0.3653730 -1.3095341 0.8296619
gene3 1.0511340 -0.7007560 -0.3025992...
1454 просмотров
schedule
15.07.2022
ANOSIM с группировками кутри
Что я хотел бы сделать, так это ANOSIM определенных групп в некоторых данных сборки, чтобы увидеть, значительно ли группы отличаются друг от друга, аналогично этому примеру кода:
data(dune)
data(dune.env)
dune.dist <- vegdist(dune)...
260 просмотров
schedule
25.07.2023
Расхождение между ветвями вырезки и кластера
У меня есть набор данных, состоящий из ежедневного потребления воды для некоторых мышей, принадлежащих к 4 различным генотипам. Я пытаюсь написать сценарий, чтобы классифицировать этих животных в соответствии с их характером потребления воды с...
190 просмотров
schedule
26.06.2022
Поворот меток листьев на графике дендрограммы pvclust
Я использую пакет pvclust в R для выполнения иерархической кластеризации с начальной загрузкой. Затем выходные данные отображаются как объект hclust с несколькими дополнительными функциями (другой заголовок по умолчанию, p-значения в узлах). Я...
783 просмотров
schedule
12.04.2022
Выбор кластеров ниже определенной высоты на дендрограмме R, но только если кластер больше единицы
Я хочу написать простой код, который будет выбирать для определенных кластеров ниже пороговой высоты и выделять их (либо прямоугольником, либо цветом). До сих пор я использовал cutree, который выбирает кластеры, которые я ищу, но также выбирает все...
1104 просмотров
schedule
22.06.2023
Цветные ветви дендрограммы на основе столбца в фрейме данных
Я хочу раскрасить ветви дендрограммы на основе значения в столбце фрейма данных, используемого в функции hclust.
Прежде чем пометить этот вопрос как повторяющийся, как это было сделано в вопрос , который ссылается на этот вопрос . Обратите...
268 просмотров
schedule
21.07.2022
Как связать метки кластеров и дендрограмму в одном порядке на графике
Я пытаюсь связать свои метки кластера с соответствующей дендрограммой, проблема в том, что дендрограмма не использует порядок, который я хочу, она упорядочивает кластер слева направо... Я видел другой подобный пост один , что является хорошим резюме...
276 просмотров
schedule
07.07.2022
