Публикации по теме 'genome'
Что такое геномный ИИ и как он работает?
Что такое геномный ИИ и как он работает?
В последние годы наблюдается растущий интерес к использованию ИИ в геномике. Геномика — это изучение генов и их функций, и она может революционизировать наше понимание биологии и медицины. Однако геномные данные слишком сложны, и традиционные методы анализа часто не справляются с этой задачей. Геномный ИИ — это относительно новая область, в которой искусственный интеллект (ИИ) используется для анализа и интерпретации геномных данных. Он..
Вопросы по теме 'genome'
Как сократить последовательность генома, чтобы мой рабочий процесс работал правильно?
Я Мориц из Гейдельбергского университета в Германии.
Для моей бакалаврской работы у меня есть 20 больших (25-30 ГБ) файлов генома (.txt.gz) пациентов с гепатоцеллюлярной карциномой. У меня установлен Bpipe на моем сервере Ubuntu, и я должен...
75 просмотров
schedule
21.12.2023
Проблема компиляции с рекурсивным анализатором Decent (c ++)
У меня проблемы с компиляцией моей программы на C ++, это рекурсивный достойный парсер, вот правила:
slist :: = stmt slist | stmt
stmt ::= decl | assign | print
decl ::= INT ID SC | FLOAT ID SC
print ::= PRINT expr SC
assign ::= ID EQUAL expr SC...
357 просмотров
schedule
19.06.2022
Каков типичный размер файлов последовательностей при проведении попарного выравнивания последовательностей?
Каков типичный размер файлов последовательностей при проведении попарного выравнивания последовательностей? Можем ли мы выровнять весь геном организмов?
44 просмотров
schedule
20.09.2022
Скрипт Python для использования координат из одного файла и добавления значений из соответствующих координат в другом файле
У меня есть исходный набор геномных координат (хром, начало, конец) в файле кровати с разделителями табуляции. У меня также есть дополнительные файлы кровати с разделителями табуляции, которые содержат некоторые исходные геномные координаты плюс...
547 просмотров
schedule
26.06.2023
Python Regex для извлечения последовательности генома
Я пытаюсь использовать регулярное выражение Python для извлечения последовательности генома из базы данных генома; Я вставил фрагмент базы данных ниже.
>GSVIVT01031739001 pacid=17837850 polypeptide=GSVIVT01031739001 locus=GSVIVG01031739001...
370 просмотров
schedule
11.09.2022
Ошибка Plink при преобразовании в двоичный файл: в строке 1 файла .ped меньше токенов, чем ожидалось
Могу ли я получить некоторую помощь здесь? Кто-нибудь сталкивался со следующей ошибкой в plink (набор инструментов для анализа ассоциаций всего генома) при преобразовании из формата «ped», «map» в двоичный аналог «bed», «bim», «fam»? Я использую...
5619 просмотров
schedule
17.02.2023
Статус Gnome glib для Windows/OSX/Unix-подобных и двоичных файлов
Я пытаюсь понять, какова текущая ситуация с бойкостью в отношении Windows, Unix-Like (не обязательно Linux) и OSX. Я анализирую, могу ли я использовать glib для проекта, и мне понадобятся все эти ОС.
Я ищу двоичные файлы Windows, и последние,...
1045 просмотров
schedule
18.01.2023
Использование BWA для создания входных файлов BAM для последующего анализа
У меня есть парные чтения Illumina для E. coli, которые я использовал для создания черновой сборки (SPAdes). Теперь у меня есть задача создать входные файлы BAM, которые я буду использовать с Pilon, который используется для улучшения черновой сборки....
1364 просмотров
schedule
29.10.2022
Использование Python для создания случайного генома человека
Мне нужна помощь в создании программы, которая создает текстовый файл со случайно упорядоченным геномом, в котором используются буквы «A», «C», «T» и «G». Конечная цель состоит в том, чтобы создать около миллиона случайно секвенированных геномов, а...
266 просмотров
schedule
14.10.2022
Как получить элементы из файла javascript и поместить их в элементы HTML
Итак, я очень новичок в HTML, и я пытался взять выходной файл txt, преобразовать его в полезные данные и ввести эти данные в HTML, изменив различные значения атрибутов, такие как title и innerHTML.
Например, я пытался использовать...
933 просмотров
schedule
17.12.2022
Ошибка сборки сборщика генома Platanus_allee
Я пытаюсь запустить сборщик генома Platanus_allee для сборки генома. Однако, когда я запускаю фазовую команду, она дает следующую ошибку:
Моя команда:
bio@bio-XPS-8700:~/Fareeha/Platanus/Platanus_allee_v2.0.2_Linux_x86_64$...
190 просмотров
schedule
23.08.2022
Транскрипция больших наборов данных в Neo4j через python (Py2neo)
Последние несколько недель я пытался загрузить набор геномных данных в Neo4j, используя библиотеку Scikit Allel. Мне удалось загрузить все варианты экзомов в файл VCF и всех субъектов с соответствующими данными фенотипа, теперь я просто пытаюсь...
68 просмотров
schedule
30.07.2022
Сеанс R прерывается при использовании кода vcf2geno
Я очень расстроен, пытаясь снова запустить этот код. Этот код работал раньше, и я отправил задание полностью, но я пытаюсь использовать его для своего проекта, и теперь запуск этого кода приводит к прерыванию сеанса R.
Код выглядит следующим...
162 просмотров
schedule
15.08.2022
В чем причина очень высоких различий в точности значений для нескольких прогонов модели?
У меня есть двухслойная нейронная сеть, которую я обучаю примерно 10000 функциям (геномным данным) с примерно 100 образцами в моем наборе данных. Теперь я понял, что каждый раз, когда я запускаю свою модель (т.е. компилирую и подбираю), я получаю...
107 просмотров
schedule
29.10.2022
Как решить эти ошибки: слот x должен быть заполнен уникальными именами, или нижний индекс содержит индексы за пределами границ, используя predORF?
У меня возникли некоторые проблемы с этой функцией predORF
sqa <- c("CAGGGCACCTGGCCTTGGGATGCGCCTCCTGCCCGCTGAGCCCAGGGGCCGCTATGGCCCTTCTGGCCATGCTGGCGCTGCAGACAGCTCTCTACCTAGTAGGCTTCTTCTACCCGCCGGGAGGCATATGGCGCTGGATCACCCGGGAC")...
28 просмотров
schedule
21.08.2023
авк: команд. строка: 1: фатальный: попытка деления на ноль
Я студент биоинформатики и новичок в bash и программировании. Я хочу рассчитать покрытие генома. #это мой сценарий, я переключаю реальный параметр на xx, но я уверен, что xxs не проблематичны, другие студенты уже выполняют этот скрипт без ошибок....
230 просмотров
schedule
05.09.2022