Вопросы по теме 'dendextend'
Построить горизонтальную дендрограмму с висящими листьями? (Р)
Я хотел бы создать график дендрограммы с горизонтальными метками, но чтобы листья висели в соответствии с их высотой, а не просто опускались на край графика.
Пример:
par(mfrow = c(1,2))
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plot(hc) # a plot...
3164 просмотров
schedule
13.09.2023
Этикетка и цветная дендрограмма листа
Я пытаюсь создать дендрограмму, если бы мои образцы имели 5 групповых кодов (действуют как имя образца / вид / и т. Д., Но он повторяется).
Таким образом, у меня есть две проблемы, помощь в которых будет отличной:
Как я могу показать коды...
34776 просмотров
schedule
04.10.2023
Как выделить определенные метки в дендрограмме?
Я сделал кластерный анализ, используя простой следующий код
hc2 = hclust(dist(geno.imp))
pdf(file="file.pdf", width=50)
plot(hc2,cex=0.2)
dev.off()
Я хочу выделить некоторые конкретные листья (не узлы). У меня есть список этих листьев в...
1667 просмотров
schedule
06.01.2024
Вырезание кластера из дендрограммы
Я использую эту ссылку, чтобы построить красивую дендрограмму с цветными метками в соответствии с категориями. Второй ответ — это то, на что я смотрю по этой ссылке ( Tree cut and Rectangles вокруг кластеров для горизонтальной дендрограммы в R ), в...
822 просмотров
schedule
22.05.2022
Как я могу добавить color_bars к графику dendextend, где я установил horiz = T
Я понимаю, как добавить цветные полосы на график dendextend, но когда я устанавливаю horiz=T, полоса отображается на неправильной оси.
Пример из введения в дендекстенд показывает, как добавить на график цветные полосы:
dend15 <- c(1:5)...
333 просмотров
schedule
28.06.2022
Удалить шкалу высоты в визуализации дендрограммы
Я могу создать дендрограмму, используя
x<-1:100
dim(x)<-c(10,10)
set.seed(1)
groups<-c("red","red", "red", "red", "blue", "blue", "blue","blue",...
1165 просмотров
schedule
20.09.2022
Как раскрасить метки дендрограммы дополнительным фактором в независимом фрейме данных в R
У меня есть дендограмма из 150 генов, импортированных в R, и у меня есть фрейм данных с теми же метками дендограммы со значениями баллов от 0 до 200, которые не зависят от дендограммы.
Я хотел бы раскрасить метки дендограммы значениями баллов из...
140 просмотров
schedule
06.11.2022
Дендрограмма с Corrplot (R)
У кого-нибудь есть способ украсить корреляцию R corrplot ? участок с дендрограммой?
3174 просмотров
schedule
17.01.2024
Получение названий листьев под ветвями для заданной глубины среза
Мне интересно, каким образом для данной отсечки глубины в dendrogram я могу получить для каждой ветви ниже этой отсечки глубины список имен всех листьев, которые являются ее потомками.
Например, я создаю это dendrogram :
set.seed(1)
mat...
85 просмотров
schedule
20.10.2022
Как связать ветку дендрограммы с классом?
Я создал классификацию и разделил набор данных по радужной оболочке на три класса. После этого я хотел бы связать классы (цвета) с наблюдениями из набора данных. Я пытался использовать функцию cutree . В итоге у меня есть классы с 1 по 3 и ветки с...
212 просмотров
schedule
04.01.2023
Извлеките высоту из каждого узла дендрограммы, используя dendrapply
Наверное, очень просто,
У меня есть dendrogram :
set.seed(1)
my_mat <- matrix(rnorm(100),nrow=10,ncol=10)
my_dend <- as.dendrogram(hclust(dist(my_mat)))
и я хочу использовать dendrapply для извлечения height attribute из...
845 просмотров
schedule
08.01.2023
Как раскрасить метки дендрограммы с помощью R на основе имени метки, а не группировки
Я пытаюсь раскрасить метки дендрограммы на основе части имени метки. Имя метки происходит от имен файлов в папке. Файлы представляют собой файлы .txt и называются следующим образом: 167_001.txt, где первые три числа указывают на конкретного автора...
1570 просмотров
schedule
12.06.2022
Добавление меток узлов к графику дендрограммы в dendextend
У меня есть дендрограмма с метками листа и узла (class = phylo, читайте с помощью read.tree). После преобразования этого в класс дендрограммы метки узлов больше не существуют. Однако я хотел бы построить дендрограмму, показывая метки поверх...
622 просмотров
schedule
27.06.2023
Расхождение между ветвями вырезки и кластера
У меня есть набор данных, состоящий из ежедневного потребления воды для некоторых мышей, принадлежащих к 4 различным генотипам. Я пытаюсь написать сценарий, чтобы классифицировать этих животных в соответствии с их характером потребления воды с...
190 просмотров
schedule
26.06.2022
Ярлыки на Tanglegram не работают (dendextend)
Я несколько раз пытался поставить метки на танглограмму (пакет dendextend) но мои метки (этические) не работают, на простом сюжете тоже работают. Какую команду следует использовать?
> dati<-read.table("moto.txt",header=T)
>...
329 просмотров
schedule
10.07.2022
Обозначьте R ветви дендрограммы правильным номером группы
Я пытаюсь нарисовать дендрограмму, чтобы метки на ветвях соответствовали номеру группы из моего кластерного анализа. В настоящее время ветви просто помечаются слева направо в том порядке, в котором они появляются, а не фактический номер группы. Вот...
1305 просмотров
schedule
07.06.2023
Как пометить цветные столбцы на дендрограмме
Как я могу добавить метку для некоторых цветных полос, которые я добавил на график дендрограммы?
В приведенном ниже коде показаны две попытки, которые я предпринял для задачи прицеливания, которая связывает значение 1 с цветом красный и...
1321 просмотров
schedule
06.02.2023
Добавление метки y в дендрограмму dendextend
Как я могу добавить метку y к дендрограмме, созданной dendextend ? Это может быть использовано, например, для обозначения «парного расстояния».
А как насчет горизонтальных ( ggplot(horiz = T) ) дендрограмм?
202 просмотров
schedule
12.12.2022
Цветные ветви дендрограммы на основе столбца в фрейме данных
Я хочу раскрасить ветви дендрограммы на основе значения в столбце фрейма данных, используемого в функции hclust.
Прежде чем пометить этот вопрос как повторяющийся, как это было сделано в вопрос , который ссылается на этот вопрос . Обратите...
268 просмотров
schedule
21.07.2022
Как связать метки кластеров и дендрограмму в одном порядке на графике
Я пытаюсь связать свои метки кластера с соответствующей дендрограммой, проблема в том, что дендрограмма не использует порядок, который я хочу, она упорядочивает кластер слева направо... Я видел другой подобный пост один , что является хорошим резюме...
276 просмотров
schedule
07.07.2022
