Публикации по теме 'computational-biology'
Прогнозируемые белковые взаимодействия варианта SARS-CoV-2 B.1.1.529 с нейтрализующими антителами
Каждый раз, когда в новостях появляется новый вариант SARS-CoV-2, у меня возникают две реакции: «Ну вот опять…🙄» и «Интересно, это вообще что-то значит? 🤔».
В пятницу я опубликовал пост на Medium , в котором рассказывается, как я использовал AlphaFold2 для предсказания структуры рецептор-связывающего домена белка Spike варианта B.1.1.529, и изложил свои предположения относительно его влияния на вакцину. эффективность.
Сегодня я продолжу это исследование. Теперь я провел несколько..
Как скачать файлы FASTA/FASTQ?
Поздравляю! Вы пережили ужасную часть, с которой борются большинство новичков. Похлопайте себя по спине :)
Теперь приступим к делу. Мы собираемся загрузить биологические данные из базы данных NCBI. Мы будем использовать данные статьи https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6411972/ для сегодняшней демонстрации.
Перейдите на веб-сайт NCBI и введите регистрационные номера. Для этого конкретного примера данные хранятся в BioProject. После того, как вы нашли файл, скопируйте..
Graformer — обобщение архитектуры преобразователя на графы.
Эта статья представляет собой краткое введение в недавнюю работу исследователей Microsoft. Смело переходите к статье прямо здесь . Их обобщение архитектуры преобразователя для моделирования молекулярных графов отлично работает и принесло им 1-е место в треке квантового прогнозирования Open Graph Benchmark Large-Scale Challenge ( KDD CUP 2021 ).
Преобразователь известен тем, что моделирует последовательную информацию. Его основной модуль, блок самоконтроля, фиксирует семантическое..
Машинное обучение для прогнозирования канцерогенов в окружающей среде и…
Балансировка несбалансированных данных, изучение показателей точности и введение в хеминформатику
Введение и предыстория
Что такое токс 21?
Программа «Токсикология в 21 веке», или Tox21, представляет собой уникальное сотрудничество между несколькими федеральными агентствами, направленное на разработку новых способов быстрой проверки того, оказывают ли вещества неблагоприятное воздействие на здоровье человека. Вещества, анализируемые на Tox21, включают широкий спектр продуктов,..
Нормализованное расстояние сжатия
Сегодня мы поговорим о компрессии и биологии. Я представлю вам новую основу для машинного обучения, которая заключается в том, что обучение — это сжатие. Мы вместе изучим, как мы можем решить реальную проблему, просто заархивировав содержимое. Да! Вы слышали меня, мы будем архивировать данные так же, как мы делаем это, когда отправляем электронное письмо. Это позволит нам классифицировать белки.
🧠 Обучение — это сжатие
Понимание — это сжатие . (Грегори Чайтин, 2004 г.)
Не..
Недооцененные статьи по машинному обучению для приложений дизайна белков
CB Insights (ведущее издание в области технологий и стартапов) включило ProteinQure в число ведущих компаний по искусственному интеллекту в сфере здравоохранения на 2020 год. Мы подумали, что можем отпраздновать это, выделив некоторые методы, которые ProteinQure использовал для создания новых белков для терапевтических целей. .
Машинное обучение (ML) создает непрерывную лавину статей, даже если ограничивается областью вычислительной биологии. В ProteinQure мы следим за новейшими..
ПиКУБ
Во время написания магистерской диссертации у меня была возможность поработать с многопрофильной командой It, в которую входят преподаватели компьютерных наук и биологии, 🧪 и аспирант. Мне довелось работать с наборами данных из EMBL и из нашей лаборатории в Кентском университете .
Это 6-месячный проект, в котором задействовано много науки о данных, компьютерах, 💻 науке и сравнительной геномике 🧬. Я работал в основном с грибами и пробовал много разных путей.
Я нашел много..
