Насколько я знаю, для запуска CPAN с sudo на Mac требуется sudo perl -MCPAN -e shell для установки новых модулей. Теоретически модуль можно удалить, удалив его из папок Perl. У меня вопрос: куда помещаются модули Perl при установке из...

Я отправляю это сообщение из чистого отчаяния, потому что действительно не знаю, что еще попробовать. Я новичок в BioPERL и работаю над сценарием, чтобы проанализировать некоторые результаты, полученные от MolQuest fgenesh. Результаты представлены в...

Я хочу выполнить попарное выравнивание с последовательностями uniprot и pdb. У меня есть входной файл, содержащий такие идентификаторы uniprot и pdb. pdb id uniprot id 1dbh Q07889 1e43 P00692 1f1s Q53591 во-первых, мне нужно...

у меня есть файл fastq с более чем 100 миллионами прочтений и последовательностью генома длиной 10000 я хочу взять последовательности из файла fastq и выполнить поиск в последовательности генома, допустив 3 несовпадения Я пробовал таким образом,...

У меня есть массив, полный инвентарных номеров, и мне интересно, есть ли способ автоматически сохранять файлы генбанка с помощью BioPerl. Я знаю, что вы можете получить информацию о последовательности, но мне нужна вся запись GenBank....

У меня есть perl-скрипт для автоматизации многих множественных выравниваний (сначала я делаю скрипт только с одним файлом и одним множественным выравниванием — хотя и большим. Затем я могу изменить несколько файлов), и я хочу вывести результирующий...

Привет всем, у меня возникла проблема с модулем Perl, поскольку я использую этот модуль для извлечения некоторых конкретных строк из плоского файла, который содержит несколько наборов информации, как я уже упоминал в коде. (Это пример кода Bio::Parse...

Я использовал модуль use Bio::DB::Fasta для доступа к файлам fasta (документация здесь: https://metacpan.org/pod/Bio::DB::Fasta#OBJECT-METHODS ). Я считаю, что это гораздо быстрее, чем использование Samtools для извлечения позиций из файла fasta....

Я могу загрузить файл FASTA вручную, который выглядит так: >lcl|CR543861.1_gene_1... ATGCTTTGGACA... >lcl|CR543861.1_gene_2... GTGCGACTAAAA... нажав «Отправить» и выбрав «Генетические характеристики», FASTA Nucleotide является...

Я установил bioperl, но не понял, где его взять и где запустить программу bioperl. Затем я протестировал его, и все прошло успешно. Я запустил программу для нескольких последовательностей. выравнивание. Произошла ошибка Невозможно найти Bio...

У меня возникли проблемы с установкой Bio-DB-HTS ( https://github.com/Ensembl/Bio-DB-HTS ) требуется для запуска сценария perl из клонированного репозитория git. Информация о системе и Perl Я использую Mac OSx High Sierra v.10.13.6 и использую...