Вопросы по теме 'bioconductor'

Установка локального пакета, отличного от .tar.gz
Я работаю над сценарием, который создает пакет в текущем каталоге (используя pdInfoBuilder от BioConductor), и я хотел бы установить его во время работы сценария. install.packages() с repo=NULL кажется очевидным выбором, но это, похоже, только за...
3543 просмотров
r bioconductor
schedule 25.06.2023
Извлечь позицию чтения из файла bam
У меня есть файл vcf, который содержит несколько SNP, и теперь я хочу посмотреть, равномерно ли эти SNP распределены по чтению файла bam, из которого я получил SNP. В частности, я хочу отобразить количество SNP по позиции чтения. Мне интересно, есть...
1269 просмотров
r bioinformatics perl bioconductor vcf-variant-call-format
schedule 05.04.2024
Вызов входного файла не работает
Я использую библиотеку Gviz от bioconductor. Я ввожу файл с разделителями табуляции, содержащий положение CNV, которое мне нужно нанести на идеограмму моей хромосомы. Мой входной файл определяется dat и имеет 4 столбца [1] хромосома [2]...
1359 просмотров
r file input bioconductor
schedule 22.10.2022
R чтение столбцов аннотаций с помощью read.ilmn пакета limma
Пакет limma — один из лучших — или даже лучший — пакет для считывание результатов экспериментов с микрочипов, а недавно и с РНК-секвенированием, и выполнение других процессов, таких как нормализация, подгонка линейных моделей, поиск наиболее...
385 просмотров
r bioconductor
schedule 04.04.2023
проблемы с samR в R
У меня есть следующая таблица в формате csv в Excel: 1 1 1 2 2 2 1415670_at 1 365.1 293.4 288.9 394.5 312 381.6 1415671_at 2 556.1 584.2 567.8 592.8 471.6 513.1...
540 просмотров
r bioconductor packages
schedule 26.04.2022
Компактная версия data.frame
Кадр данных: 200.01 117:10520 227137.56097561 200.01 155:24 227137.56097561 200.01 265:47 227137.56097561 200.01 266:37 227137.56097561 200.01 281:568 227137.56097561 200.01 282:246 227137.56097561 200.31 190:3374 227360 200.56...
131 просмотров
r bioinformatics bioconductor
schedule 30.06.2023
Как с помощью biomaRt преобразовать список идентификаторов зондов Agilent в символы генов и получить значения na?
Я пытаюсь использовать biomaRt для преобразования списка из более чем 90 тысяч идентификаторов зондов в символы генов, но у меня возникают проблемы. Используя функцию getBM, я вижу, что только 22 КБ из них имеют соответствующие символы генов, но на...
2577 просмотров
r bioconductor
schedule 26.05.2022
Построение подмножеств объекта AffyRNAdeg {affy} с помощью plot AffyRNAdeg?
library(affy) microarrays <- ReadAffy() # 98 CEL files are read into the same object RNAdeg <- AffyRNAdeg(microarrays) Теперь я хочу построить подмножества RNAdeg plotAffyRNAdeg(RNAdeg[.......?]) # What can I do? Я...
206 просмотров
plot subset bioconductor
schedule 27.07.2023
Не удалось запустить скрипт ComBat из библиотеки R sva
Я пытаюсь запустить скрипт ComBat для набора данных с двумя пакетами, но получаю ошибки и не знаю, как проверять код, так как я новичок в R. Я использую метод ComBat следующим образом: # Load sva library(sva) # Read expression values dat =...
2231 просмотров
r bioinformatics bioconductor
schedule 19.10.2022
R: индексы к матрице
У меня есть матричный вызов res, который изначально выглядит следующим образом: [,1] [,2] [1,] 0 0 [2,] 0 0 [3,] 0 0 [4,] 0 0 [5,] 0 0 [6,] 0 0 [7,] 0 0 [8,] 0 0 [9,] 0 0 [10,]...
214 просмотров
r bioinformatics biometrics bioconductor
schedule 27.07.2022
Выбор только некоторых строк RGList
Я использую пакет Limma для анализа некоторых данных. После чтения необработанных данных с помощью read.maimagenes я получаю объект RGList . R.cut и G.cut являются числовым значением класса, и мне нужны значения над ними. Я пробовал что-то вроде...
1105 просмотров
r bioconductor
schedule 31.03.2022
Как написать цикл, который вычисляет p-значение для каждого столбца по сравнению со всеми другими столбцами?
Я пытаюсь научиться использовать анализ данных микромассивов в R. У меня возникли проблемы с генерированием p-значений для моих генов, чтобы увидеть, какие из них выражены почтительно. У меня есть 22283 строки и 38 столбцов, из которых строки...
1405 просмотров
r bioconductor
schedule 18.10.2022
Ошибка загрузки библиотеки BioConductor GO.db
У меня проблема с загрузкой пакета BioConductor "GO.db". Не получается с ошибкой: Ошибка: .onLoad не удалось в loadNamespace () для 'GO.db', подробности: call: sqliteNewConnection (drv, ...) ошибка: драйвер RS-DBI: (не удалось подключиться к...
1070 просмотров
r bioconductor
schedule 22.11.2022
Пакет Bowtie от bioconductor/R — ОШИБКА: не удалось выполнить компиляцию пакета «Rbowtie»
Я пытаюсь установить пакет биокондуктора «Rbowtie». Я запускаю R в корневом режиме на Ubuntu 12.4 LTS с последней версией R (3.1.0). изменить: вот контейнер пакета Вот что я сделал (это работает для всех других пакетов):...
570 просмотров
r bioinformatics bioconductor
schedule 24.04.2024
Имена функций EBImage
Кто-нибудь может объяснить, что используется для вычисления различных функций в computeFeatures ? Я получаю применяемое соглашение об именах, изложенное в ? computeFeatures . Я не понимаю ярлыки .0. , .a. и .Ba. . Например: >...
833 просмотров
r image-processing bioconductor
schedule 17.08.2022
Невозможно скомпилировать xps после установки ROOT, отсутствуют библиотеки
Я пытаюсь установить xps в R и установил ROOT из CERN. во время компиляции я получаю: TMLMath.cxx:51:19: fatal error: TMath.h: No such file or directory #include "TMath.h" ^ compilation terminated. make: *** [TMLMath.o]...
696 просмотров
gcc r c++ g++ bioconductor
schedule 12.12.2021
Как я могу преобразовать Ensembl ID в символ гена в R?
У меня есть data.frame, содержащий идентификаторы Ensembl в одном столбце; Я хотел бы найти соответствующие символы генов для значений этого столбца и добавить их в новый столбец в моем фрейме данных. Я использовал bioMaRt, но он не смог найти ни...
41310 просмотров
r dataframe bioinformatics bioconductor
schedule 09.11.2022
R, biocLite, ошибка при установке DESeq2
Я уже пару дней пытаюсь установить DESeq2 для анализа. R и biocLite обновлены, и я сталкиваюсь с ошибками прав доступа, когда пытаюсь запустить biocLite("DESeq2") Я получаю в основном хорошие сообщения, но в конце я получаю: 1: In...
1338 просмотров
r bioinformatics bioconductor
schedule 02.04.2024
Найдите перекрывающиеся области и извлеките соответствующее значение
Как найти перекрывающиеся координаты и извлечь соответствующие значения seg.mean для перекрывающейся области? data1 Rl pValue chr start end CNA 2 2.594433 6 129740000 129780000 gain 2 3.941399...
1238 просмотров
r bioinformatics bioconductor
schedule 11.07.2022
Небезопасно ли выполнять код через URL-адрес HTTP?
У меня вызывает подозрение механизм установки Bioconductor . Похоже, он просто выполняет (через source() ) R-скрипт с URL-адреса HTTP. Разве это не небезопасный подход, уязвимый для атаки «человек посередине»? Я думаю, что они должны использовать...
96 просмотров
r security bioinformatics man-in-the-middle bioconductor
schedule 21.07.2023