Я использую bcftools consensus для извлечения гаплотипов из файла vcf. Учитывая входные файлы: A.sorted.bam B.sorted.bam Создаются следующие выходные файлы: A.hap1.fna A.hap2.fna B.hap1.fna B.hap2.fna В настоящее время у меня есть...

Я пытаюсь написать условие if-else в сценарии оболочки/bash, которое будет использоваться для многих разных файлов, поэтому оно не будет соответствовать определенной структуре. У меня есть три разных файла и до трех разных переменных, выбранных из...

Я пытаюсь объединить 3000 бактериальных файлов bcf с помощью bcftools. Файлы vcf были сгенерированы с помощью GATK, преобразованы в bcf и проиндексированы bcftools. Bcftools продолжает анализировать 20% данных, но продолжает преждевременно завершать...

У меня есть заархивированный файл vcf размером ~ 300 ГБ (.vcf.gz), который содержит геномы около 700 собак. Меня интересуют только некоторые из этих собак, и в настоящее время у меня нет достаточно места, чтобы разархивировать весь файл, хотя я...

У меня есть папка с 900 файлами с таким именем: chr1_643632542_63643636.vcf.gz chr1_23634521_626356.vcf.gz chr2_363643262346_234324.vcf.gz chr2_1345_21346.vcf.gz .... chr22_134545_3245145.vcf.gz Я пытался проиндексировать каждый файл с...

У меня есть список файлов VCF определенной этнической принадлежности, такой как американские индейцы, китайцы, европейцы и т. д. По каждой национальности у меня есть около 100+ файлов. В настоящее время я вычислил метрики VARIANT QC , такие как...

Я создаю плагин, который использует код, доступный на BCFier , для выбора элементов из версии внешнего сервера файла и выделите их на виде Revit, за исключением того, что элементы явно не найдены в Revit, поскольку отображаются все элементы, и ни...