Я импортировал дерево ClustalW2 в R, используя функцию ape и функцию read.tree пакета ape. Я оцениваю молекулярный возраст с помощью функции chronopl, в результате чего получается ультраметрическое бинарное дерево. Из которого я хочу создать...

Допустим, у меня есть филогенетическое дерево и некоторые символьные данные для моего дерева. У меня есть один символ, который, как я знаю, является однонаправленным: скорость перехода от 0 к 1 положительна, но скорость перехода от 1 к 0 равна нулю...

Я пытаюсь указать цвета, используемые в моем анализе реконструкции наследственного состояния, чтобы затем использовать те же цвета в других графиках с теми же данными. Однако, когда я использовал nodelabels из ape, указанные мной цвета не совпадают...

Я хотел бы создать филогенетические деревья из генетических данных. Я нашел несколько пакетов для рисования деревьев в R и python, которые выглядят великолепно, например. ggtree в R. Но для этого требуются входные данные, которые уже находятся в...

Я следую этому руководству о том, как нанести черты на филогенез, чтобы определить консерватизм черт. Я следил за ним шаг за шагом, но, похоже, не могу заставить работать ни состав сообщества, ни графики признаков филогении для моих наборов...

Я хочу установить «edge.length» в объекте phylo, используя переменную в data.frame. «Node.label» «tip.label» в phylo-объекте соответствует именам строк в data.frame. Как можно установить edge.length с помощью переменной в data.frame, обеспечивая при...

Я хотел бы раскрасить ветви для определенных меток в некорневом соседе, соединяющем деревья из входных данных гаплотипа. Эти два примера из akang и Уилл Хэмилтон . Они пытались ответить на этот вопрос, но ответы не соответствовали правильным...