Как добавить звездочку на диаграмму, чтобы обозначить значимость?

Вы можете использовать text() и написать в соответствующем месте, если вы знаете это заранее; например.,

dfrm <- data.frame(y=rnorm(100, mean=10), x=gl(4, 25))
dfrm$y[dfrm$x==2] <- dfrm$y[dfrm$x==2]+2
boxplot(y ~ x, data=dfrm, ylim=c(min(dfrm$y)-.5, max(dfrm$y)+.5))
text(x=2, y=max(dfrm$y[dfrm$x==2]), "*", pos=3, cex=1.2)

Адаптируйте x=2 под свои нужды.

Или вы можете использовать mtext, чтобы поместить звезду за пределы области построения, как в

mtext("*", side=3, line=0, at=2, cex=1.2)

Вы можете использовать text() для добавления простых символов в произвольное место на графике:

boxplot(c(1:10),ylim=c(0,12),axes=F)
text(11,"*",cex=2)

РЕДАКТИРОВАТЬ: В ответ на предложение @chl, вот приведенное выше приложение с рядом диаграмм:

boxplot(count ~ spray,data = InsectSprays,axes=F,ylim=c(0,30))
text(c(25,23,-10,-10,-10,27),"*",cex=2)