Rpy2 и ggplot2: LookupError 'print.ggplot'

В пакет R ggplot2 были внесены изменения, которые нарушили уровень rpy2. Попробуйте использовать недавний (я только что исправил) снимок ветки «по умолчанию» (rpy2-2.3.0-dev) для кода rpy2 на битбакете.

Изменить: rpy2-2.3.0 отстает от графика на пару месяцев. Я только что выпустил выпуск исправления ошибок rpy2-2.2.6, который должен решить проблему.

Хотя я не могу помочь вам с исправлением ошибки импорта, которую вы видите, здесь есть аналогичный пример с использованием решетки: решетка с rpy2.

Кроме того, стандартная функция R plot принимает раскрашивание с помощью функции factor (которую вы можете передать столбцу row.retained. Пример:

plot(original.length, percentage.retained, type="p", col=factor(row.retained))

Основываясь на ответе fucitol, я вместо этого реализовал график, используя как график по умолчанию, так и решетку. Вот обе реализации:

from rpy2 import robjects
#Convert to R objects
original_lengths = robjects.IntVector(original_lengths)
percentages_retained = robjects.FloatVector(percentages_retained)
row_retained = robjects.StrVector(row_retained)

#Plot using standard plot
r = robjects.r
r.plot(x=percentages_retained,
       y=original_lengths,
       col=row_retained,
       main='Title',
       xlab='Percentage retained',
       ylab='Original length',
       sub='subtitle',
       pch=18)

#Plot using lattice
from rpy2.robjects import Formula
from rpy2.robjects.packages import importr
lattice = importr('lattice')
formula = Formula('lengths ~ percentages')
formula.getenvironment()['lengths'] = original_lengths
formula.getenvironment()['percentages'] = percentages_retained

p = lattice.xyplot(formula,
                   col=row_retained,
                   main='Title',
                   xlab='Percentage retained',
                   ylab='Original length',
                   sub='subtitle',
                   pch=18)
rprint = robjects.globalenv.get("print")
rprint(p)

Жаль, что я не могу заставить ggplot2 работать, так как по умолчанию он создает более красивые графики, и я считаю работу с фреймами данных более явной. Любая помощь в этом направлении по-прежнему приветствуется!

Если у вас нет опыта работы с R, но с python, вы можете использовать numpy или pandas для анализа данных. и matplotlib для построения графика.

Вот небольшой пример того, как это выглядит:

import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt 

df = pd.DataFrame({'original_length': [1875, 1143, 960, 1302, 2016],
                   'row_retained': [False, False, False, False, True],
                   'percentage_retained': [11.0, 23.0, 44.0, 66.0, 87.0]})
fig, ax = plt.subplots()
ax.scatter(df.original_length, df.percentage_retained,
           c=np.where(df.row_retained, 'green', 'red'),
           s=np.random.randint(50, 500, 5)
           )   
true_value = df[df.row_retained]
ax.annotate('This one is True',
            xy=(true_value.original_length, true_value.percentage_retained),
            xytext=(0.1, 0.001), textcoords='figure fraction',
            arrowprops=dict(arrowstyle="->"))
ax.grid()
ax.set_xlabel('Original Length')
ax.set_ylabel('Precentage Retained')
ax.margins(0.04)
plt.tight_layout()
plt.savefig('alternative.png')

pandas также имеет экспериментальный интерфейс rpy2.

Проблема вызвана последней версией ggplot2 0.9.0. В этой версии нет функции print.ggplot(), которая есть в ggplot2 версии 0.8.9.

Я попытался поработать с кодом rpy2, чтобы заставить его работать с новейшим ggplot2, но изменения кажутся довольно большими.

Между тем, просто понизьте версию ggplot2 до 0.8.9.