diff по строкам, а не по строкам

Разбейте ваши строки на строки, отсортируйте и упорядочите их, а затем используйте comm для анализа. (См. BashFAQ #36).

Я собираюсь предположить, чтобы иметь пример, что вы хотите сравнить директивы LoadModule между двумя конфигурационными файлами Apache.

файл1:

...other stuff...
LoadModule foo modules/foo.so
LoadModule bar modules/bar.so
LoadModule baz modules/baz.so
...other stuff...

файл2:

...other stuff...
LoadModule foo modules/foo.so
...other stuff...

Итак, чтобы сделать это:

comm -2 -3 \
  <(gawk '/LoadModule/ { print $2 }' file1 | sort -u)
  <(gawk '/LoadModule/ { print $2 }' file2 | sort -u)

... подавляет любые строки, найденные в обоих или только в более коротком файле, и дает вам имена модулей, найденные в третьем, что дает следующий вывод:

bar
baz

Для людей, рассматривающих этот вопрос с более интересными вариантами использования - к сожалению, в то время как флаг -z сортировки GNU может обрабатывать разделители NUL (чтобы разрешить сравнение строк, содержащих символы новой строки), comm не может. Однако вы можете написать свою собственную реализацию comm в оболочке, которая поддерживает разделители NUL, как в следующем примере:

#!/bin/bash
exec 3<"$1" 4<"$2"

IFS='' read -u 4 -d ''; input_two="$REPLY"

while IFS='' read -u 3 -d '' ; do
    input_one="$REPLY"
    while [[ $input_two < $input_one ]] ; do
        IFS='' read -u 4 -d '' || exit 0
        input_two="$REPLY"
    done
    if [[ $input_two = "$input_one" ]] ; then
        printf '%s\0' "$input_two"
    fi
done

Я бы запустил такой небольшой скрипт bash (differ.bash):

#!/bin/bash
f1=$1; # longer file
f2=$2; # shorter file

for item in `cat $f1`
do
    match=0
    for other in `cat $f2`
    do
        if [ "$item" == "$other" ]
        then
            match=1
            break
        fi
    done
    if [ $match != 1 ]
    then
        echo $item
    fi
done

exit 0

Запустите его так:

$ ./differ.bash file1 file2

По сути, я просто устанавливаю двойной цикл for с более длинным файлом во внешнем цикле и более коротким файлом во внутреннем цикле. Таким образом, каждый элемент в более длинном списке сравнивается с элементами в более коротком списке. Это позволяет нам найти все элементы, которые не соответствуют чему-либо в меньшем списке.

Изменить: я попытался ответить на первый комментарий Чарльза с помощью этого обновленного скрипта:

#!/bin/bash
f1=$1; # longer file
f2=$2; # shorter file

while read item
do
    others=( "${others[@]}" "$item" )
done < $f2

while read item
do
    match=0
    for other in $others
    do
        if [ "$item" == "$other" ]
        then
            match=1
            break
        fi
    done
    if [ $match != 1 ]
    then
        echo $item
    fi
done < $f1

exit 0