Как я могу указать кодировку сообщения для входящих сообщений в клиенте WCF на основе кодировки сообщения в ответном сообщении с сервера?

Если вы хотите изменить кодировку сообщения, вам нужно определить конфигурацию привязки — выберите любую привязку, которую вы используете, и определите, что вы хотите, например. Кодировка MTOM:

<bindings>
  <wsHttpBinding>
    <binding name="MTOM" messageEncoding="Mtom" />
  </wsHttpBinding>
</bindings>

Затем в ваших конечных точках как на сервере, так и на клиенте (они должны выстраиваться и определять одно и то же!), вам нужно использовать эту конфигурацию привязки:

  <service name="test" >
    <endpoint name="test"
        address=""
        binding="wsHttpBinding"
        bindingConfiguration="MTOM"
        contract="IYourService" />
  </service>

Вы должны настроить это как на клиенте, так и на сервере - вам нужно заранее решить, использовать ли кодировку MTOM (вместо обычной текстовой кодировки).