Мы используем маркеры и информационные окна на картах Google Maps v3 на http://www.stolencamerafinder.com/lostandfound.jsp. .
Большую часть времени информационное окно отображается как верхний слой. т.е. полное окно для одной булавки отображается поверх других булавок на карте.
Иногда под булавками появляется информационное окно, как на скриншоте ниже. 
Есть ли способ предотвратить это?
Мы используем Хром.
Я думаю, что это проблема с Google Chrome. Я нашел ваш вопрос, пытаясь решить нашу аналогичную проблему - у нас есть аналогичная проблема с этим сайтом:
http://nearbynow.co/air-conditioning/az/scottsdale
Он отлично работает как в ie9, так и в Firefox 7, но в Chrome маркеры карты, которые добавляются на карту после первоначального заполнения карты, почти всегда отображаются над информационным полем. Мы добавляем информационное окно в floatPane, которое всегда должно быть над панелью overlayImage, где должны быть маркеры.
