формат банка белков pdb - удаление лиганда

Я хотел бы удалить различные лиганды из записей PDB. Достаточно ли удалить HET, HETNAM, HETATM...., т.е. те, где соединение идентифицируется своим 3-буквенным кодом, или нужно чистить еще какие-то поля?

Есть ли уже написанный для этой цели скрипт python|perl?


pdb protein-database
person user979678    schedule 07.10.2011    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward 

open(FILE,"file.pdb");
@file=<FILE>;
foreach (@file){
if (/^HETATM/){
print $_,"\n";
}}

это отделяет лиганд. чтобы удалить лиганд, оставьте не равным перед регулярным выражением.

person gthm atla    schedule 06.01.2012