Выполнение пакета xmgrace с помощью subprocess.Popen()

Вы проверили запуск xmgrace из командной строки с помощью sh? (т. е. вызовите /bin/sh, затем запустите xmgrace..., которая должна быть той же самой оболочкой, которую использует Popen, когда вы устанавливаете shell=true).

Другим решением было бы создание сценария оболочки (создайте файл, например myscript.sh, и запустите chmod +x из терминала). В скрипте вызовите xmgrace:

#!/bin/bash
xmgrace -batch batch.bfile -nosafe -hardcopy

Затем вы можете проверить, работает ли myscript.sh, который должен подобрать любые переменные среды, которые могут быть в вашем профиле, которые могут отличаться от python. Если это сработает, вы можете вызвать скрипт из подпроцесса python.Popen('myscript.sh'). Вы можете проверить, какие переменные среды установлены в python для подпроцесса, запустив:

import os
os.environ

Вы можете проверить http://sourceforge.net/projects/graceplot/

При использовании use Popen вы можете записывать вывод приложения на стандартный вывод в stderr и распечатывать его в своем приложении — таким образом вы можете видеть, что происходит:

from subprocess import Popen, PIPE
ps = Popen(reportParameters,bufsize=512, stdout = PIPE, stderr = PIPE)
if ps:
   while 1:
      stdout = ps.stdout.readline()
      stderr = ps.stderr.readline()
      exitcode = ps.poll()
      if (not stdout and not stderr) and (exitcode is not None):
         break
      if stdout:
         stdout = stdout[:-1]
         print stdout
      if stderr:
         stderr = stderr[:-1]
         print stderr