ORA-30926: невозможно получить стабильный набор строк в исходных таблицах при выполнении запроса на слияние.

Я уже использовал раздел и где rn=1 в предложении using, чтобы получить только неповторяющиеся записи из источника, но Oracle все еще выдает ошибку.

Ваш

ROW_NUMBER() OVER ( PARTITION BY PAY_RANGE_START_DATE_KEY,
      AA_PERSON_NATURAL_KEY, AA_PERSON_ASSIGNMENT_KEY, SCHEDULE_LINE_ID,
      SRC_CREATED_DATE, SRC_LAST_UPDATE_DATE ORDER BY ROWNUM ) AS rn

с фильтром rn=1 удаляет дубликаты по 6 столбцам, в то время как вы используете 4 столбца в предложении ON(). Кроме того, вы используете другой фильтр для фильтрации строк для обновления.

Самый простой способ получить то, что вы хотите, — отфильтровать необходимые данные в предложении USING:

MERGE
/*+ parallel(A) enable_parallel_dml*/
INTO
(
  SELECT
    PAY_RANGE_START_DATE_KEY,
    AA_PERSON_NATURAL_KEY,
    AA_PERSON_ASSIGNMENT_KEY,
    SCHEDULE_LINE_ID,
    SRC_CREATED_DATE,
    SRC_LAST_UPDATE_DATE
  FROM
    EDWFIN.PSP_LABOR_SCHD_DAY_F_ROLLUP
)
A USING
(
SELECT
  PAY_RANGE_START_DATE_KEY,
  AA_PERSON_NATURAL_KEY,
  AA_PERSON_ASSIGNMENT_KEY,
  SCHEDULE_LINE_ID,
  SRC_CREATED_DATE,
  SRC_LAST_UPDATE_DATE
FROM
  (
    SELECT
      BB.PAY_RANGE_START_DATE_KEY,
      BB.AA_PERSON_NATURAL_KEY,
      BB.AA_PERSON_ASSIGNMENT_KEY,
      BB.SCHEDULE_LINE_ID,
      BB.SRC_CREATED_DATE,
      BB.SRC_LAST_UPDATE_DATE,
      ROW_NUMBER() OVER ( 
         PARTITION BY BB.PAY_RANGE_START_DATE_KEY,
                      BB.AA_PERSON_NATURAL_KEY, 
                      BB.AA_PERSON_ASSIGNMENT_KEY, 
                      BB.SCHEDULE_LINE_ID
         ORDER BY ROWNUM /*?*/ 
         ) AS rn
    FROM
      EDWFIN.PSP_LABOR_SCHD_DAY_F_ROLLUP_FRS_356 BB
     ,EDWFIN.PSP_LABOR_SCHD_DAY_F_ROLLUP AA
    WHERE
      AA.PAY_RANGE_START_DATE_KEY = BB.PAY_RANGE_START_DATE_KEY AND
      AA.AA_PERSON_NATURAL_KEY    = BB.AA_PERSON_NATURAL_KEY AND
      AA.AA_PERSON_ASSIGNMENT_KEY = BB.AA_PERSON_ASSIGNMENT_KEY AND
      AA.SCHEDULE_LINE_ID         = BB.SCHEDULE_LINE_ID
      AND (
          AA.SRC_CREATED_DATE     <> BB.SRC_CREATED_DATE
       OR AA.SRC_LAST_UPDATE_DATE <> BB.SRC_LAST_UPDATE_DATE
      )
  )
WHERE
  rn = 1
)
B ON
(
  A.PAY_RANGE_START_DATE_KEY = B.PAY_RANGE_START_DATE_KEY AND
  A.AA_PERSON_NATURAL_KEY    = B.AA_PERSON_NATURAL_KEY AND
  A.AA_PERSON_ASSIGNMENT_KEY = B.AA_PERSON_ASSIGNMENT_KEY AND
  A.SCHEDULE_LINE_ID         = B.SCHEDULE_LINE_ID
)
WHEN MATCHED THEN
  UPDATE
  SET
    A.SRC_CREATED_DATE     = B.SRC_CREATED_DATE,
    A.SRC_LAST_UPDATE_DATE = B.SRC_LAST_UPDATE_DATE;

Как видите, я отфильтровал строки, которые вам не нужны, в предложении USING, поэтому вам не нужно предложение WHERE в UPDATE SET, и удалил дубликаты по 4 столбцам, используемым для сопоставления.