Добавьте таблицу рисков и 95% доверительные интервалы к скорректированным кривым выживаемости с помощью пакета survminer в r.

Я хочу добавить таблицу риска и 95% доверительные интервалы к скорректированным кривым выживания. Что-то вроде кривых выживания ниже (Ссылка). Я видел соответствующий код здесь, но он не упоминает, что мне нужно.

Другой вопрос, было бы правильно, если бы я использовал полученную переменную веса (из пакет iptw) в настройках (поскольку у меня есть столбец с именем веса в моем фактическом наборе данных.

Вот мой код:

library(survival);library(survminer)
data(lung);names(lung)
#fit <- coxph( Surv(time, status==2) ~ ph.karno + strata(sex), data = lung )
lung$sex <- ifelse(lung$sex == 1,  "Male", "Female")
fit <- coxph(Surv(time, status) ~  ph.ecog + age +strata(sex),  data = lung)

ggadjustedcurves(fit,
                 variable = "sex", 
                 data = lung,
                 method = "average",
                 palette = c("#E69F00", "#56B4E9"),
                 size = 1.3,
                 legend = "right",
                 legend.title = expression(bold("Legend title")),
                 xlab = "Time",font.legend = 12) + theme(legend.text.align = 0.5)

введите здесь описание изображения


r survival-analysis adjustment
person Mohamed Rahouma    schedule 05.12.2020    source источник
comment
@IRTFM Пожалуйста, дайте мне знать, если у вас есть какой-либо ценный вклад, основанный на ваших предыдущих ответах на аналогичные вопросы ранее. Спасибо заранее.   -  person Mohamed Rahouma    schedule 06.12.2020
comment
Когда я выполняю SO-поиск по таблице рисков survminer, я получаю 20 совпадений. Большинство из них иллюстрируют, как получить таблицу рисков.   -  person IRTFM    schedule 07.12.2020
comment
@IRTFM Спасибо за ваш ответ. Я искал это, основываясь на вашем ценном совете, но до сих пор не мог этого понять. По сути, я использовал ваши ключевые слова для поиска, затем я использовал ggadjustedcurves, чтобы увидеть, как изменить мои скорректированные кривые выживания с помощью таблиц рисков, но до сих пор безуспешно. Пожалуйста, дайте мне знать, если вы можете получить то, что я хочу. Большое спасибо.   -  person Mohamed Rahouma    schedule 07.12.2020

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Краткий ответ: в настоящее время не существует R-пакета, который позволяет напрямую строить кривые выживаемости с поправкой на конфаундер с доверительными интервалами. Однако в R-пакете riskRegression есть функция ate, которую можно использовать для расчета скорректированных оценок вероятности выживания в некоторые моменты времени с доверительными интервалами 95 %. Если вы делаете какое-то кодирование, вы определенно можете использовать его, чтобы получить то, что хотите.

В качестве альтернативы вы можете подождать немного дольше. В настоящее время я работаю над пакетом R, который реализует различные методы кривых выживаемости с поправкой на конфаундер (и кумулятивных функций заболеваемости при наличии конкурирующих рисков), дополненных доверительными интервалами, проверкой гипотез, таблицами рисков и так далее.

person Denzo    schedule 14.04.2021