R ggplot scale_fill_manual с использованием цветов для значений в пределах диапазона

Я просто надеюсь почистить свой код и кое-что узнать. Я чувствую, что делаю это более сложным, чем должно быть. У меня есть диапазон данных от 0 до 9, и я хотел бы указать цвет для значений в этом диапазоне. Например:

0-3 green
4-6 yellow
7-9 red

Это единственный способ, которым я смог заставить его работать. Я чувствую, что должен быть способ указать диапазоны в перерывах. т. е. 0-3 = зеленый и т. д.

ggplot() +
  geom_raster(data = data, aes(x = samples, y = organism, fill = as.factor(value))) +
  scale_fill_manual(values=c("green", "green", "green","green", "yellow","yellow","yellow", "red","red", "red"), breaks=c(0,1,2,3,4,5,6,7,8,9))

Следующий код работает нормально, но всякий раз, когда я пытаюсь создать диапазон внутри разрывов, я получаю сообщение об ошибке:

breaks=c(0-3,4-6,7-9)
Error: Insufficient values in manual scale. 10 needed but only 3 provided.

Я надеюсь, что это довольно понятно. При необходимости я могу предоставить образец набора данных (ниже). Спасибо за ваше время!

samples,organism,value
a,z,0
b,z,1
c,z,2
d,z,3
e,z,4
f,z,5
g,z,6
h,z,7
i,z,8
j,z,9

r range ggplot2 heatmap geom
person Jakeeln    schedule 25.11.2020    source источник
comment
Всегда добавляйте данные, это помогает.   -  person Ronak Shah    schedule 25.11.2020

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

У меня нет ваших данных, но я сделал кое-что, похожее на ваше:

set.seed(123)
data <- expand.grid(samples = 1:5, organism = LETTERS[1:4])
data$value <- sample(0:9, 20, replace = TRUE)

С этими данными я получаю другую ошибку при запуске вашего кода:

ggplot() +
  geom_raster(data = data, aes(x = samples, y = organism, fill = value)) +
  scale_fill_manual(values=c("green", "green", "green", "green", "yellow", "yellow", "yellow", "red", "red", "red"), 
                    breaks=c(0,1,2,3,4,5,6,7,8,9))
Error: Continuous value supplied to discrete scale

Если я конвертирую value в множитель, я не получаю ошибки. Мне нужны ваши данные, чтобы помочь диагностировать ошибку.

ggplot() +
  geom_raster(data = data, aes(x = samples, y = organism, fill = factor(value))) +
  scale_fill_manual(values=c("green", "green", "green", "green", "yellow", "yellow", "yellow", "red", "red", "red"), 
                    breaks=c(0,1,2,3,4,5,6,7,8,9))

введите здесь описание изображения

Используя мои данные, вот более простой способ сделать это (особенно если value непрерывен):

ggplot() +
  geom_raster(data = data, aes(x = samples, y = organism, 
                               fill = cut(value, breaks = c(0, 3, 6, 9)))) +
  scale_fill_manual(name = "value", 
                    values = c("green", "yellow", "red"),
                    labels = c("0-3", "4-6", "7-9"))

введите здесь описание изображения

person Ben Norris    schedule 25.11.2020
comment
Спасибо за помощь! Я пояснил ошибку, которую я получил в вопросе. Использование функции вырезания было именно тем, что мне было нужно. Оглядываясь назад, я определенно должен был включить данные. Это было из огромного набора данных, но я мог бы добавить некоторые данные-заполнители. - person Jakeeln; 25.11.2020
comment
Одно дополнительное редактирование вашего решения, список вырезов должен быть c (-1,3, 6, 9) - person Jakeeln; 25.11.2020