Как получить ссылки не с сайта с помощью php и регулярного выражения

Используйте синтаксический анализатор DOM и переберите все ссылки, проверяя их атрибут href для других сайтов. Это не проверено и может потребовать некоторой настройки.

// assuming your html is in $HTMLstring
$dom = new DOMDocument();
$dom->loadHTML($HTMLstring);

// May need to disable error checking if the HTML isn't fully valid
$dom->strictErrorChecking = FALSE;

// Get all the links
$links = $dom->getElementsByTagName("a");
foreach($links as $link) {
  $href = $link->getAttribute("href");

  // Find out if the link points to a domain other than yours
  // If your internal links are relative, you'll have to do something fancier to check
  // their destinations than this simple strpos()
  if (strpos("yourdomain.example.com", $href) == -1) {
     // Add the attribute
     $link->setAttribute("rel", "nofollow");
  }

// Save the html
$output = $dom->saveHTML;