Преобразование идентификаторов Ensembl мыши в имена генов во фрейме данных

Недавно я создал неконтролируемую иерархическую тепловую карту кластера, используя 30 различных образцов последовательности РНК. Ось x помечена как имя каждого образца, а ось y отображает 100 наиболее вариабельных генов, представленных как идентификаторы Ensembl мыши (например, ENSMUSG00000020573).

Мне просто интересно, есть ли у меня способ заменить идентификаторы Ensembl на имена генов (например, Pik3cg), прежде чем я введу их в функцию pheatmap ().

Моя таблица ввода:

                        WT_Animal1      WT_Animal2     WT_Animal3
ENSMUSG00000094652      0.03463869       0.7333992     -0.29986091
ENSMUSG00000006356     -0.64264559      -0.5609578     -0.06037522
ENSMUSG00000019897      0.09159506      -0.1133322     -0.12974861
ENSMUSG00000027790     -0.25124228       1.2871582     -0.92491260
ENSMUSG00000054999     -0.58618795       1.2079283     -0.89929279
ENSMUSG00000072573      0.16812802       0.1058453     -0.16593449

Я изменил имена столбцов вручную, используя colnames (mat) ‹- c (), но я хочу знать, как изменить имена строк (Ensembl ID), используя другую функцию, чтобы я мог воспроизвести их на дальнейших графиках.

Я пытался прочитать об использовании biomaRt и других пакетов, но, похоже, не могу найти способ сделать это.

Любая помощь приветствуется!


r pheatmap biomart
person Lauren McKenzie    schedule 07.07.2020    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Если вы хотите использовать biomaRt, вот как вы могли бы это сделать:

library(biomaRt)

# your example matrix
mat <- structure(list(
    WT_Animal1 = c(0.03463869, -0.64264559, 0.09159506, -0.25124228, -0.58618795, 0.16812802),
    WT_Animal2 = c(0.7333992, -0.5609578, -0.1133322, 1.2871582, 1.2079283, 0.1058453),
    WT_Animal3 = c(-0.29986091, -0.06037522, -0.12974861, -0.9249126, -0.89929279, -0.16593449)),
    class = "data.frame", 
    row.names = c("ENSMUSG00000094652", "ENSMUSG00000006356", "ENSMUSG00000019897", 
                  "ENSMUSG00000027790", "ENSMUSG00000054999",  "ENSMUSG00000072573"))

mart <- useMart(biomart = "ensembl", dataset = "mmusculus_gene_ensembl")
symb <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id","mgi_symbol"),
             filters = "ensembl_gene_id", values = rownames(mat),
             mart = mart)
symbs <- symb$mgi_symbol[match(rownames(mat), symb$ensembl_gene_id, nomatch = NA)]
heatmap(as.matrix(mat), labRow = symbs, margins = c(12, 10))

Создано 07.07.2020 с помощью пакета REPEX (v0.3.0)

person user12728748    schedule 07.07.2020