Как разрешить автоматическое удаление ботов java Discord через 5 секунд?

Правильный способ сделать это - передать потребителя вашему методу .queue при отправке сообщения. Вместе с RestAction # queueAfter вы получите

channel.sendMessage("message").queue(message -> message.delete().queueAfter(5, 
TIMEUNIT.SECONDS);

см. очередь с Потребителем и queueAfter.

Есть другой способ сделать это, используя RestAction # delay

Просто поставьте паузу с чем-то вроде Thread.sleep(5000); перед вызовом функции для удаления сообщения. Это будет пауза на 5000 миллисекунд или 5 секунд.

Вы можете начать новый поток и приостановить его перед запуском команды удаления для сообщения. Таким образом, вы не вызовете проблем с другими строками кода.

String[] messageArgs = event.getMessage().getContentRaw().toLowerCase().split(" ");
for (String args : messageArgs) {
    if (blacklistWords.contains(args)) {
        if (memberRoles.contains(warn0)) {

            Runnable r = new Runnable() {
                @Override
                public void run() {
                    try {
                        // pause for 5 seconds
                        wait(5000);

                        event.getMessage().delete().queue();

                        event.getMessage().getChannel().sendMessage
                            ("**" + MemberMention + "** unterlasse bitte diese **Wortwahl.**"
                                > here + "\nBei **3 Verwarnungen** wirst du **gekickt!**").queue();

                        event.getGuild().addRoleToMember(user, warn1).complete();
                        event.getJDA().getGuildById(Secrets.guildID).removeRoleFromMember(user, warn0)
                            .complete();
                    } catch (InterruptedException e) {
                        e.printStackTrace();
                    }
                }
            };

            Thread t = new Thread(r);
            t.start();

            break;
        }
    }
}