Ошибка при установке пакета bife на Mac: RcppArmadillo

Я пытаюсь установить пакет bife с помощью Rstudio, но получаю следующее сообщение об ошибке:

install.packages ("bife")

also installing the dependency ‘RcppArmadillo’

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/RcppArmadillo_0.9.850.1.0.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 1381269 bytes (1.3 MB)
================================================== downloaded 1.3 MB

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/bife_0.7.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 119523 bytes (116 KB)
================================================== downloaded 116 KB

* installing *source* package ‘RcppArmadillo’ ...
** package ‘RcppArmadillo’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation checking whether the C++ compiler works... yes checking for C++ compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables...  checking whether we are cross compiling... configure: error: in `/private/var/folders/z0/k6tlg2lj31ng3lhl1rgxdlqc0000gn/T/Rtmp310YLn/R.INSTALLb74e72b400c9/RcppArmadillo': configure: error: cannot run C++ compiled programs. If you meant to cross compile, use `--host'. See `config.log' for more details ERROR: configuration failed for package ‘RcppArmadillo’
* removing ‘/Users/myname/opt/anaconda3/lib/R/library/RcppArmadillo’ Warning in install.packages :   installation of package ‘RcppArmadillo’ had non-zero exit status ERROR: dependency ‘RcppArmadillo’ is not available for package ‘bife’
* removing ‘/Users/myname/opt/anaconda3/lib/R/library/bife’ Warning in install.packages :   installation of package ‘bife’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in   ‘/private/var/folders/z0/k6tlg2lj31ng3lhl1rgxdlqc0000gn/T/Rtmp3EVGll/downloaded_packages’ Updating HTML index of packages in '.Library' Making 'packages.html' ... done

Похоже, проблема в каком-то компиляторе C ++. Я пробовал решение, предоставленное здесь и выполнил шаги по этой ссылке, но я все равно получаю сообщение об ошибке. Мне неудобно работать с терминалом и всем остальным, и я просто скопировал и вставил предложения в терминал. Я использую Rstudio версии 1.1.456 и R версии 3.6.2. У меня macOS Catalina версии 10.15.4. Я действительно застрял в том, что не могу установить или обновить какие-либо пакеты R. Ценю любую помощь.


macos r installation-package rcpparmadillo
person Rnovice    schedule 01.04.2020    source источник
comment
Привет, Rnovice, не могли бы вы предоставить содержимое вашего ~/.R/Makevars файла? Вы можете легко получить его из R с помощью system("cat ~/.R/Makevars").   -  person Ian Campbell    schedule 01.04.2020
comment
Привет, @IanCampbell, вот содержимое: CFLAGS = -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk CCFLAGS = -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX-Library / Csd / Cs / Cs / Cs / Cs / Cs / Cs / Cs / Cs / Cs / Cs /. CommandLineTools / SDKs / MacOSX.sdk CPPFLAGS = -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -I / usr / local / include SHLIB_CXXLDFLAGS + = - Wl, -rOME_path, $ {RHPath}, $ {RHPath} lib / libc ++ abi.1.dylib SHLIB_CXX14LDFLAGS + = - Wl, -rpath, $ {R_HOME} / lib $ {R_HOME} /lib/libc++abi.1.dylib   -  person Rnovice    schedule 01.04.2020

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Потратив два дня на поиск решений, я наконец загрузил последнюю версию Rstudio (1.2.5033) и устранил проблему. Теперь я могу без проблем установить любой пакет R. Не уверен, насколько хорошо известно решение, но просто хотел сообщить, что проблема устранена.

person Rnovice    schedule 03.04.2020