Удаление символов stat_summary из категорий легенд в ggplot2

У вас не должно быть shape="Mean" в вызове aes. Это не эстетическое отображение! Наличие его в aes заставляет ggplot думать, что вы устанавливаете shape для сопоставления с символьной переменной, которая всегда принимает значение "mean". Отсюда и странная легенда.

Вы можете просто использовать shape="+" в качестве аргумента в вызове stat_summary, чтобы получить желаемый эффект. Вам, вероятно, придется также убрать линию scale_shape_manual("Summary Statistics", values=c("Mean"="+")), потому что шкалы формы больше нет.

Чтобы ответить на последнюю часть вашего вопроса, если вы хотите иметь отдельную строку «среднее» для своей легенды, вы можете добавить дополнительный уровень «Среднее» к переменной, сопоставленной с эстетикой fill (затем вручную сделать заливку прозрачной). Смотри ниже:

d <- data.frame(x=factor(c(1,2)), y=rnorm(100))

ggplot(d, aes(x,y, group=x, fill=x)) + 
   geom_violin() + 
   stat_summary(shape="+", fun="mean", aes(fill="Mean"), geom="point", size=3) +
   scale_fill_manual(values=c("blue", "red", "#00000000"), limits=c(1,2,"Mean"))

Редактировать: я нашел способ избавиться от рамки вокруг + в средней строке легенды, но это ужасный хак. Вам нужно два слоя stat_summary, один с color прозрачным с эстетическим отображением (чтобы поле легенды было прозрачным, но это делает легенду «+» также прозрачной), а затем второй с color="black" непосредственно, который заменяет «+» в легенда, но не коробка.

ggplot(d, aes(x,y, group=x, fill=x, color=x)) + 
   geom_violin() + 
   stat_summary(shape="+", fun="mean", aes(fill="Mean",color="Mean"), geom="point", size=3)+
   stat_summary(shape="+", fun="mean",color="black", geom="point", size=3) +
   theme_classic() + 
   scale_fill_manual(values=c("lightblue", "red", "#00000000"), limits=c(1,2,"Mean"))+  
   scale_color_manual(values=c("black", "black", "#00000000"), limits=c(1,2,"Mean"))