Я запускаю искровую работу:
spark-submit --master spark://ai-grisnodedev1:7077 --verbose --conf spark.driver.port=40065 --driver-memory 4g
--jars /opt/seqr/.conda/envs/py37/lib/python3.7/site-packages/hail/hail-all-spark.jar
--conf spark.driver.extraClassPath=/opt/seqr/.conda/envs/py37/lib/python3.7/site-packages/hail/hail-all-spark.jar
--conf spark.executor.extraClassPath=./hail-all-spark.jar ./hail_scripts/v02/convert_vcf_to_hail.py ./hgmd_pro_2019.4_hg38.vcf -ht
--genome-version 38 --output ./hgmd_pro_2019.4_hg38.ht
И команда выдает ошибку:
Неверный максимальный размер кучи: -Xmx4g --jars Ошибка: не удалось создать виртуальную машину Java. Ошибка: Произошло фатальное исключение. Программа будет закрыта.
Я проверил память:
Итак, кажется, все в порядке. Я проверил java:
(py37) -bash-4.2$ java -version
openjdk version "1.8.0_232"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.8.0_232-b09)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 25.232-b09, mixed mode)
Затем я проверил в Chrome работает ли spark на ai-grisnodedev1:7077 и работает ли он с одним воркером. Если я использую ipython, я могу запустить простой пример install по адресу https://hail.is/docs/0.2/getting_started.html:
import hail as hl
mt = hl.balding_nichols_model(n_populations=3, n_samples=50, n_variants=100)
mt.count()
Итак, Hail, зависящий от Spark, тоже работает. Может быть, моя команда неправильно сформирована или некоторые файлы повреждены? Но тогда ошибка очень вводит в заблуждение. Что я могу сделать, чтобы попытаться отладить эту проблему?
