Ошибка сборки сборщика генома Platanus_allee

Я пытаюсь запустить сборщик генома Platanus_allee для сборки генома. Однако, когда я запускаю фазовую команду, она дает следующую ошибку:

Моя команда:

bio@bio-XPS-8700:~/Fareeha/Platanus/Platanus_allee_v2.0.2_Linux_x86_64$ ./platanus_allee фаза -c out_contig.fa out_junctionKmer.fa \platanus_allee фаза \ -c out_contig.fa out_junctionKmer.fa \ -IP1 /home/bio /Fareeha/test/SMIX_test_data/Unzip/SDNA-270

Error(13): Error, SolveDBG exception!! 
platanus_allee solve_DBG command failed.
head-3000000.fq /home/bio/Fareeha/test/SMIX_test_data/Unzip/SDNA-270_2_head-3000000.fq \ 2>phase.log

Вывод:

платанус_аллее версия: 2.0.2

./platanus_allee фаза -c out_contig.fa out_junctionKmer.fa platanus_allee фаза -c out_contig.fa out_junctionKmer.fa -IP1 /home/bio/Fareeha/test/SMIX_test_data/Unzip/SDNA-270

Error(13): Error, SolveDBG exception!! 
platanus_allee solve_DBG command failed.
head-3000000.fq /home/bio/Fareeha /test/SMIX_test_data/Unzip/SDNA-270_2_head-3000000.fq 2

Error(13): Error, SolveDBG exception!! 
platanus_allee solve_DBG command failed.

Кто-нибудь может помочь мне решить эту проблему?


bioinformatics genome
person FarihaKomal    schedule 09.11.2019    source источник
comment
Это не язык ассемблера. Я также не уверен, что это выравнивание последовательности, пожалуйста, удалите этот тег, если он не применяется. Кроме того, обработка ошибок предназначена для вопросов о том, как писать код обработки ошибок в программах, а не о том, как интерпретировать ошибку. сообщения от программ, которые вы не пишете   -  person Peter Cordes    schedule 09.11.2019

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

На этапе фазы platanus2 я решил это, установив minimap2 с conda, и все должно работать.

conda install -c bioconda minimap2
person Bartosz Ulaszewski    schedule 01.06.2020