В настоящее время создаю нумерацию следующим образом:
CTAbstractNum cTAbstractNum = CTAbstractNum.Factory.newInstance();
cTAbstractNum.setAbstractNumId(BigInteger.valueOf(0));
CTLvl cTLvl = cTAbstractNum.addNewLvl();
cTLvl.addNewNumFmt().setVal(STNumberFormat.DECIMAL);
cTLvl.addNewLvlText().setVal("%1.");
cTLvl.addNewStart().setVal(BigInteger.valueOf(1));
XWPFAbstractNum abstractNum = new XWPFAbstractNum(cTAbstractNum);
XWPFNumbering numbering = document.createNumbering();
BigInteger abstractNumID = numbering.addAbstractNum(abstractNum);
BigInteger numID = numbering.addNum(abstractNumID);
XWPFParagraph tmpParagraph = document.createParagraph();
tmpParagraph.setPageBreak(true);
tmpParagraph.setNumID(numID);
Это работает нормально, так как абзацы нумеруются правильно, но я потерялся, пытаясь найти способ изменить размер чисел.