Безопасно ли выполнять задания cron из учетной записи root?

Это так же безопасно, как запускать что-либо еще от имени пользователя root. Если вы знаете, что сценарий, который вы запускаете, безопасен, или если он абсолютно требует привилегий root (желательно, чтобы оба условия были истинными), запустите его от имени root. В противном случае запустите его как пользователь для конкретной задачи (пользователь базы данных, пользователь резервного копирования и т. д.) с соответствующими разрешениями.