запустить файл rmd (уценка) из R без использования RStudio

Это делает момент, когда я смотрю, возможно ли запустить/выполнить файл rmd (markdown) из R без использования RStudio. Потому что у меня есть ограничения в работе: я не могу использовать Rstudio.

Я проверил, но все используют Markdown, начиная с Rstudio.

Преобразование Rmarkdown в PDF без RStudio


rstudio r r-markdown
person Sldx    schedule 29.11.2018    source источник
comment
rmarkdown::render(filename)? Если ваш файл Rmd предназначен для интерактивного использования (например, использует shiny) и если это не работает, возможно, вы могли бы предоставить MWE. Далее, перечитывая вопрос, на ум приходит вопрос откуда: вы это делаете из Rterm (или Rgui), или надеетесь запустить из ОС? (Если последнее, возможно, Rscript -e rmarkdown::render(filename).)   -  person r2evans    schedule 29.11.2018
comment
Спасибо за ваш отзыв. Что вы подразумеваете под тем, что ваш rmd должен быть неактивным? МВЕ? Я не знаю этого термина. Можете ли вы рассказать мне больше? Мы хотим запустить файл rmd из Rgui и используем Windows. Зная, что мы уже выполнили файл Rmd в Rgui с помощью инструкции rmarkdown::render (имя файла) и получили ошибку: Ошибка: требуется Pandoc версии 1.12.3 или выше и не найден (см. страницу справки? Rmarkdown:: пандок_доступен). Мы пытались загрузить pandoc, но pandoc не загружается в версии R (3.4.4/3.4.1).   -  person Sldx    schedule 30.11.2018
comment
MWE = минимальный рабочий пример, (ссылки: stackoverflow.com/questions/5963269, stackoverflow.com/help/ mcve и stackoverflow.com/tags/r/info). Интерактивный: это одноразовый запуск и сохранение вывода или он использует shiny компоненты? Поскольку вы не используете RStudio, вам необходимо вручную установить pandoc и убедиться, что он находится в PATH (по крайней мере для R, возможно, используя ~/.Renviron или ~/.Rprofile или подобное).   -  person r2evans    schedule 30.11.2018
comment
Я использую его в интерактивном режиме, мой файл rmd использует источники данных Excel, а затем, когда он извлекает данные, файл rmd выводит файл .docx. Что касается pandoc, я должен загрузить его по ссылке, а затем создать переменную пути среды Windows, не так ли? (Я не понимаю Rprofile и Renviron)   -  person Sldx    schedule 06.12.2018
comment
pandoc нельзя загрузить в версии R (3.4.4/3.4.1), не понимаю, что вы имеете в виду... он выпущен сам по себе и включен в RStudio. В моей версии RStudio у меня установлен pandoc-1.19.2.1, и он работал с R-3.4.4, так что это безопасно. Сейчас Pandoc имеет версию 2.5, не уверен, что он тестировался с rmarkdown, некоторые исследования были бы полезны. Независимо от того, если pandoc находится в вашем PATH, rmarkdown::render должно работать (и не выдавать вам эту ошибку), RStudio не требуется. Но эта ошибка является ключевой для вас прямо сейчас: все остальное не имеет значения, пока она не будет исправлена.   -  person r2evans    schedule 06.12.2018