последовательность ссылок TraMineR

Я использую функцию seqdist из пакета TraMineR.

Сначала я вычисляю 2 траектории в seq.all :

seqdist(seq.all[1:2,], method="OM", indel=1.1, sm=couts)


         [,1]     [,2]
[1,]  0.00000 46.91843
[2,] 46.91843  0.00000

Таким образом, расстояние между этими траекториями составляет 46,91843.

Но когда я использую аргумент refseq :

seqdist(seq.all[1,], method="OM", indel=1.1, sm=couts,refseq = seq.all[2,])

[1] 60.32636

Теперь расстояние между этими траекториями кажется равным 60,32636.

В чем хитрость?


r traminer
person Charb    schedule 12.11.2018    source источник
comment
Предоставьте матрицу couts и две последовательности.   -  person Gilbert    schedule 13.11.2018

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Вы получаете расстояния от всех последовательностей до одной из последовательностей рассматриваемого объекта последовательности, передавая индекс последовательности в качестве аргумента refseq. Итак, вы можете получить расстояние между двумя вашими последовательностями с помощью

seqdist(seq.all, method="OM", sm=couts, indel=1.1, refseq=2)[1]

Тем не менее, ваш код тоже должен работать и обеспечивать такое же значение.

Это ошибка, которая может возникнуть, когда последовательность refseq передается как объект последовательности. Мы это исправим и в ближайшие дни выпустим новую версию на R-Forge.

person Gilbert    schedule 12.11.2018
comment
Спасибо Гилберт! - person Charb; 13.11.2018