Я работаю с 5IVW, загруженным из PDB. У этого есть 5 субъединиц; каждый имеет свою собственную нумерацию остатков - если я окрашиваю остатки 1-100, окрашиваются 5 наборов остатков. Если я выбираю атомы мышью, я вижу идентификацию субъединицы: например. 5IVW/B/... ; то есть я выбрал атомы в субъединице B. Но как мне выбрать субъединицу или что-либо в пимоле по его внутреннему имени, чтобы я мог просто окрасить остатки в субъединице B? В документации есть обширная информация о выборе по атому, элементу, остатку и т.д.
Как выбрать субъединицу пимола по названию?
comment
Да, это работает, спасибо! Но есть ли способ использовать, например. /5IVW/B/W/ARG`26/CA номенклатура -- видимо, внутреннее представление -- в pymol?
- person nilsboar schedule 09.10.2018
Ответы (1)
Ознакомьтесь с разделом «Макромолекулы» на странице 5IVW. Здесь шесть цепей (или субъединиц) в структуре названы V, W, 0, 1, 2 и 3. поэтому ваш синтаксис для выбора под названием «subunit2» должен быть:
select subunit2, chain W
обратите внимание, что в /5ivw/B буква B означает сеги-идентификатор, а не цепочку или субъединицу.
person
bunher
schedule
08.10.2018
