Как предотвратить сброс этого счетчика на 100 000?

Ваш код может страдать от состояния гонки.

В середине вы снова открываете файл в режиме w, который усекает файл до нулевой длины. Если другая копия вашего скрипта откроется и попытается прочитать файл в то время, когда он был усечен, но до того, как он был прочитан, счетчик будет сброшен на ноль.

Вот обновленная версия вашего кода:

    $filename = 'content/general_site_data/total_site_page_loads.txt';
// Open our file in append-or-create mode.
    $fh = fopen($filename, "a+");
    if(!$fh)
        die("unable to create file");
// Before doing anything else, get an exclusive lock on the file.
// This will prevent anybody else from reading or writing to it.
    flock($fh, LOCK_EX);
// Place the pointer at the start of the file.
    fseek($fh, 0);
// Read one line from the file, then increment the number.
// There should only ever be one line.
    $total_site_page_loads = 1 + intval(trim(fgets($fh)));
// Now we can reset the pointer again, and truncate the file to zero length.
    fseek($fh, 0);
    ftruncate($fh, 0);
// Now we can write out our line.
    fwrite($fh, $total_site_page_loads . "\n");
// And we're done.  Closing the file will also release the lock.
    fclose($fh);
    echo '------------------------------',
         '<br />Site Wide Page Views: ',
         $total_site_page_loads,
         '<br />';

Поскольку начальное открытие происходит в режиме добавления или создания, вам не нужно обрабатывать случай, когда файл не существует, если только начальное открытие не завершилось ошибкой.

При наличии блокировки файла этот код никогда не должен сбрасывать счетчик в файле, независимо от количества одновременных запросов. (Конечно, если у вас нет другого кода, записывающего в файл.)

Я не вижу, где может произойти какой-либо сброс, но то, как работает сценарий, кажется довольно простым. Может быть, попробовать изменить total_site_page_loads.txt на что-то вроде 99990 и посмотреть, что происходит с этим файлом, когда вы переходите к 100000?