Файлы в Watch Directory блокируются при использовании DirectoryInfo

Вы уверены, что все, что создает/обновляет файлы, выполнено? В противном случае файл будет заблокирован.

Несмотря на то, что FileWatcher должен работать с общими ресурсами UNC, у меня было множество проблем при этом. Поскольку ваша проблема не критична по времени, я бы создал поток, который просто проверяет наличие файлов, спит несколько секунд в цикле, пока файлы не исчезнут, и в это время будет отправлено ваше предупреждение.

NB: Запуск в качестве службы требует, чтобы работающий пользователь также имел сетевые привилегии на удаленном общем ресурсе.

Обновление: только что провел быстрый тест в нашей сети. Клиент под управлением Windows 7 сервер под управлением Windows 2008 R2. Добавил в общий ресурс несколько файлов, как маленьких, так и больших. Не было никаких проблем с удалением файлов во время работы кода. Даже без Thread.Sleep

        bool filesDeleted = false;

        while (!filesDeleted)
        {
            DirectoryInfo di = new DirectoryInfo(@"\\server\share\path\");
            FileInfo[] files = di.GetFiles();

            foreach (var file in files)
            {
                DateTime created = file.CreationTime;
                string fileName = file.Name;

                //Do what every you need to check if the two files are still there
            }

            Thread.Sleep(5000);
        }

        //Send alert