У меня есть файл CSV с 8 строками и 5 столбцами, который выглядит так:
,MUT,AB1,M86,MU0,MZ4
2pc0,9.3235,9.2234,8.5654,6.5688,6.0312
2hb4,7.4259,7.9193,7.0837,6.1959,9.6501
3ixo,9.1124,4.8244,9.2058,5.6194,4.8181
2i0d,10.1331,9.9726,1.7889,2.1879,1.0692
2q5k,10.7538,0.377,9.8693,1.5496,9.869
4djq,12.0394,2.4673,3.7014,10.8828,1.4023
2q55,10.7834,1.4322,5.3941,0.871,1.7253
2qi1,10.0908,10.7989,4.1154,2.3832,1.2894
Я хотел бы, чтобы следующий R-скрипт отображал тепловую карту моего набора со значениями [0;2] зеленого цвета, [2;3] желтого цвета и [3;maxvalue] красного цвета, а цвет должен развиваться непрерывно. мода.
Вот код, который я сейчас пытаюсь использовать:
#########################################################
### A) Installing and loading required packages
#########################################################
if (!require("gplots")) {
install.packages("gplots", dependencies = TRUE)
library(gplots)
}
if (!require("RColorBrewer")) {
install.packages("RColorBrewer", dependencies = TRUE)
library(RColorBrewer)
}
#########################################################
### B) Reading in data and transform it into matrix format
#########################################################
data <- read.csv('/mypath/raw/raw.csv', comment.char="#")
rnames <- data[,1] # assign labels in column 1 to "rnames"
mat_data <- data.matrix(data[,2:ncol(data)]) # transform column 2-5 into a matrix
rownames(mat_data) <- rnames # assign row names
#########################################################
### C) Customizing and plotting the heat map
#########################################################
# creates a own color palette from red to green
my_palette <- colorRampPalette(c("green", "yellow", "red"))(n = 299)
# (optional) defines the color breaks manually for a "skewed" color transition
col_breaks = c(seq(0,2,length=200), # for green
seq(2,3,length=100), # for yellow
seq(3,15,length=1500)) # for red
# creates a 5 x 5 inch image
png("/mypath/raw/raw.png", # create PNG for the heat map
width = 5*300, # 5 x 300 pixels
height = 5*300,
res = 300, # 300 pixels per inch
pointsize = 8) # smaller font size
heatmap.2(mat_data,
cellnote = mat_data, # same data set for cell labels
main = "Correlation", # heat map title
notecol="black", # change font color of cell labels to black
density.info="none", # turns off density plot inside color legend
trace="none", # turns off trace lines inside the heat map
margins =c(12,9), # widens margins around plot
col=my_palette, # use on color palette defined earlier
breaks=col_breaks, # enable color transition at specified limits
dendrogram="none", # only draw a row dendrogram
Colv="NA" ) # turn off column clustering
dev.off() # close the PNG device
Однако, когда я использую сценарий, который я нашел в Интернете, появляется следующая ошибка:
Error in image.default(1:nc, 1:nr, x, xlim = 0.5 + c(0, nc), ylim = 0.5 + : must have one more break than colour
Я был бы очень признателен, если бы вы могли указать мне, как заменить 15 максимальным значением по умолчанию и соответствующим образом настроить цветовой диапазон и перекос.
Дополнительный вопрос:
Я также стремлюсь к реорганизации информации на выходе. Я бы хотел, чтобы заголовки столбцов и строк были сверху и слева. Кроме того, возможно ли проследить контуры вокруг следующих ящиков случаев как (x, y) = (4,1) (5,2) (6,3) (7,4) (8,5)