Как удалить строки, соответствующие элементам из другого файла

Я изучаю Perl и пытаюсь понять, как выполнить эту задачу. У меня есть папка с кучей текстовых файлов, и у меня есть файл ions_solvents_cofactors, который содержит список из трех букв.

Я написал скрипт, который открывает и читает каждый файл в папке и должен удалить те строки, которые под определенной колонкой [3] совпадают с каким-то элементом из списка. Это не работает хорошо. У меня есть какая-то проблема в конце скрипта, и я не могу понять, что это такое.

Я получаю ошибку: rm: invalid option -- '5'

Мой входной файл выглядит так:

ATOM   1592 HD13 LEU D  46      11.698 -10.914   2.183  1.00  0.00           H  
ATOM   1593 HD21 LEU D  46      11.528  -8.800   5.301  1.00  0.00           H  
ATOM   1594 HD22 LEU D  46      12.997  -9.452   4.535  1.00  0.00           H  
ATOM   1595 HD23 LEU D  46      11.722  -8.718   3.534  1.00  0.00           H  
HETATM 1597  N1  308 A   1       0.339   6.314  -9.091  1.00  0.00           N  
HETATM 1598  C10 308 A   1      -0.195   5.226  -8.241  1.00  0.00           C  
HETATM 1599  C7  308 A   1      -0.991   4.254  -9.133  1.00  0.00           C  
HETATM 1600  C1  308 A   1      -1.468   3.053  -8.292  1.00  0.00           C 

Вот сценарий:

#!/usr/bin/perl -w

$dirname = '.';
opendir( DIR, $dirname ) or die "cannot open directory";
@files = grep( /\.txt$/, readdir( DIR ) );

foreach $files ( @files ) {

    open( FH, $files ) or die "could not open $files\n";
    @file_each = <FH>;
    close FH;

    close DIR;

    my @ion_names = ();

    my $ionfile   = 'ions_solvents_cofactors';
    open( ION, $ionfile ) or die "Could not open $ionfile, $!";
    my @ion = <ION>;
    close ION;

    for ( my $line = 0; $line <= $#file_each; $line++ ) {

        chomp( $file_each[$line] );
        if ( $file_each[$line] =~ /^HETATM/ ) {
            @is = split '\s+', $file_each[$line];
            chomp $is[3];
        }

        foreach ( $file_each[$line] ) {    #line 39

            if ( "@ion" =~ $is[3] ) {
                system( "rm $file_each[$line]" );
            }
        }
    }
}

Так, например, если 308 из входного файла совпадает в файле ions_cofactors_solvents`, то удалите все эти строки, в которых он совпадает.